تتمتع جامعة أم القرى بريادة علمية إذ شهدت انطلاق أول كلية في مسيرة التعليم العالى التي وصلت إلى 24 جامعة في الوقت الراهن. ومرت الجامعة منذ إنشاء أولى كلياتها بثلاث مراحل الأولى (1369-1391ه)، وهى البداية التي انطلقت منها الجامعة حين أسست كلية الشريعة كأول صرح في التعليم العالي بمفهومه الحديث في المملكة، وفي عام 1372 ه تم إنشاء معهد عال للمعلمين باسم كلية المعلمين استمر إلى عام 1379ه ثم أسندت مهمة إعداد المعلمين لكلية الشريعة عام1381ه، وسميت كلية الشريعة والتربية، وفي عام 1382 ه أنشئت كلية التربية بمكة مستقلة عن كلية الشريعة، أما المرحلة الثانية (1391-1401ه) فشهدت انضمام كليتي الشريعة والتربية إلى جامعة الملك عبدالعزيز بجدة كشطر من الجامعة في مكة، وتم في نهاية هذه المرحلة افتتاح كلية التربية بالطائف، وإضافة أقسام علمية جديدة وإنشاء عدد من المراكز العلمية. وشهدت المرحلة الثالثة فى مطلع قيامها تولي الملك فهد بن عبدالعزيز -رحمه الله- الحكم في المملكة. وخلال هذا العهد حققت الجامعة نقلة نوعية كبيرة تم فيها إنجاز مرافقها التأسيسية وقفزت أعداد كلياتها من كليتين قبل قيامها إلى 22 كلية اليوم. وتضاعف فيها أعداد أعضاء هيئة التدريس والطلاب الملتحقين أضعاف أضعاف ما كانت عليه؛ وهي الآن في سبيل استكمال مراحل مشروع المدينة الجامعية الجديدة ومواصلة برامج التطوير والتحديث. وتم خلال العقد الأول من القرن الخامس عشر إنشاء خمس كليات هي: كلية الدعوة وأصول الدين وكلية اللغة العربية، وكلية العلوم التطبيقية، وكلية العلوم الاجتماعية، وكلية الهندسة والعمارة الإسلامية، بالإضافة إلى كلية التربية بالطائف التي افتتحت في عام 1400ه، وبإنشاء كلية الطب والعلوم الطبية في عام 1416ه بمكة وتحويل عمادة خدمة المجتمع إلى كلية أصبح عدد كليات هذه الجامعة اثنتي عشرة كلية، بالإضافة إلى معهد خاص بتعليم اللغة العربية للناطقين بغيرها، ومعهد لأبحاث الحج. وأصبحت الجامعة تقدم مختلف أنواع التخصصات، وتمنح درجات البكالوريوس والدبلوم العالي والماجستير والدكتوراه في علوم الشريعة واللغة العربية والتربية، والعلوم الاجتماعية والتطبيقية والطب والهندسة. وتضم من الطلاب نحو ثلاثين ألف طالب وطالبة في مقر الجامعة بمكة، وهي بذلك تساهم في سد احتياجات المجتمع ومتطلبات خطط التنمية من الدارسين المؤهلين للخدمة في مختلف المجالات. وقد صحب قيام هذه الجامعة صدور الأمر بالمضي في إقامة مباني المدينة الجامعية الجديدة واختيرت منطقة العابدية جنوب شرقي مكة، المطلة على صعيد عرفات، موقعًا جديدًا للجامعة ووضع حجر الأساس لهذا المشروع العملاق عام 1406ه، ويتوقع أن يتم إنجاز المرحلة الثانية قريبًا. وفي عام 1414ه انتقلت إلى المباني الجديدة في العابدية كلية الشريعة والدراسات الإسلامية، وكلية الهندسة والعمارة الإسلامية، واحتلت كلية اللغة العربية مبنى ملحقًا ثم انتقلت إلى مبنى آخر في نهاية 1420ه. وعند إنشاء كلية الطب والعلوم الطبية في عام 1417ه ألحقت مؤقتًا بمبنى كلية الهندسة والعمارة الإسلامية ثم استقلت بمبناها الجديد الذي أنجزت مؤخرًا المرحلة الأولى منه في وقت قياسي. وتضم جامعة أم القرى 22 كلية ومعهدين وهى: كلية الطب وطب الأسنان والصيدلة والعلوم الطبية التطبيقية والعلوم التطبيقية والهندسة والعمارة الإسلامية والحاسب الآلي ونظم المعلومات، والتربية والدعوة وأصول الدين، والشريعة والدراسات الإسلامية، والعلوم الاجتماعية، واللغة العربية، والمجتمع بمكةالمكرمة، وخدمة المجتمع والتعليم المستمر، والتربية للبنات الأقسام العلمية، وإعداد المعلمين بالقنفذة، والتربية لإعداد المعلمات، والتربية للبنات الاقتصاد المنزلي، والتربية للبنات الأقسام الأدبية، والتربية للبنات بالقنفذة، والتربية للبنات بالليث، وإعداد المعلمين بمكةالمكرمة والمعهد العالي للأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، ومعهد تعليم اللغة العربية لغير الناطقين بها.
