نظمت وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي سلسلة من البرامج التدريبية في أكاديمية المسجد النبوي موجهة لمنسوبي الوكالة وطلاب معهد المسجد النبوي. واشتملت البرامج على دورة الإسعافات الأولية الموجهة لموظفي الوكالة، وذلك للاطلاع والتعرف على طرق الاسعافات الأولية وكيفية التعامل مع الحالات الطارئة، وكذلك برنامج السكرتير الإلكتروني الذي يتضمن التعريف بمهام السكرتير الإلكتروني وأنظمة الإدارة الإلكترونية والاتصالات الإدارية, ويهدف إلى تزويد المتدربين بالمعلومات والمهارات والأدوات وتعريفهم بالسلوك اللازم للسكرتير، وكيفية الإعداد المتميز لأعمال السكرتارية الإلكترونية، إضافة إلى تعريف المتدربين بالإمكانيات التقنية الحديثة التي يمكن استخدامها في مجال السكرتارية الإلكترونية بالوكالة. كما نظمت الوكالة برامج أخرى موجهة إلى طلاب معهد المسجد النبوي كبرامج ملكات وبرامج تطبيقات قوقل، والتي تهدف إلى تنمية مهارات الطلاب وتوسيع مداركهم وتعريفهم بالبرامج المطورة التي تمكنهم من الاطلاع على المعلومات الحديثة وتنمي مهاراتهم وقدراتهم المعرفية. وتأتي مثل هذه البرامج لتسهم في رفع مستوى القدرات لدى منسوبي الوكالة وتطوير الجوانب المعرفية والمهنية والصحية والادراكية والخدمية والثقافية وغيرها تحقيقاً لتطلعات ولاة الأمر - حفظهم الله - .