استدعت وزارة الخارجية المصرية، السبت 28 سبتمبر 2013، سفير مصر في تونس، أيمن مشرفة، للتشاور حول العلاقات الثنائية بين البلدين، وذلك حسبما أعلنت مصادر مطلعة بوزارة الخارجية. ووفقاً لصحيفة "المصري اليوم"، فقد كانت وزارة الخارجية أعربت، الخميس الماضي، عن رفضها واستيائها مما ورد في كلمة الرئيس التونسي المنصف المرزوقي، أمام أعمال الجمعية العامة للأمم المتحدة حول مصر والتي طالب فيها بإطلاق سراح من سماه السجناء السياسيين. وأكدت الخارجية، في بيان لها، أن ما ورد في تلك الكلمة بشأن مصر يجافي الحقيقة، فضلاً عما يمثله ذلك من تحد لإرادة الشعب المصري، الذي خرج بالملايين في 30 يونيو، مطالباً بإقامة ديمقراطية حقيقية تؤسس لدولة عصرية جامعة لا تقصي أيا من أبنائها، وهو ما نرجوه للأشقاء في تونس، الذين لا يزال البعض هناك يحاول أن يفرض عليهم نموذجاً بعينه لا يعبر عن واقع وطبيعة المجتمع التونسي السمحة. وكان الرئيس التونسي المنصف المرزوقي طالب السلطات المصرية بالإفراج عن الرئيس المعزول محمد مرسي، وجميع المعتقلين من الإسلاميين المحبوسين بالسجون حاليا. وقال المنصف المرزوقي خلال إلقائه كلمة بلاده أمام الجمعية العامة للأمم المتحدة "إن تلك المبادرة الجريئة قادرة وحدها على خفض الاحتقان السياسي، ووقف مسلسل العنف، وعودة كل الأطراف إلى الحوار باعتباره الوسيلة الوحيدة لحل المشاكل الصعبة، التي تفرضها المراحل الانتقالية"، مطالباً في الوقت ذاته السلطات المصرية بالعمل على رفع التضييق على قطاع غزة من خلال المعابر.