وجه رئيس مجلس الشورى الإيراني، علي لاريجاني، انتقادات إلى الأزهر، إحدى أكبر المؤسسات الدينية للسنّة، وقال إن حركة علماء الدين في تلك المؤسسة "تخلفت عن حركة الشعب" ولم تتمكن من أداء دور إيجابي في الانتفاضة، في أحدث تطور على صعيد الردود المتبادلة بين الأزهر وأركان النظام في إيران التي يغلب عليها المذهب الشيعي. وقال لاريجاني، خلال احتفال لتدشين مركز ديني في مدينة "قم" الإيرانية، المعروفة بمدارسها الدينية الشيعية، إن علماء الأزهر "لم يستطيعوا أداء دور جاد في ثورة الشعب المصري، بسبب عدم استقلاليتهم." واعتبر لاريجاني أنه لو لم تكن الحوزات العلمية (التسمية الرسمية للمدارس الدينية الشيعية) مستقلة لكانت تواجه مشكلة، ولتأخرت في الدفاع عن حقوق الناس والقيم الإسلامية. وأعرب عن "أسفه لوجود تخلف عند علماء الدين" في بعض البلدان التي شهدت انتفاضات شعبية، قائلاً: "رغم وقوف الشباب وشرائح كثيرة من الشعب في طليعة الثورات، لكن علماء الدين في هذه البلدان تأخروا في حركتهم." ورأى لاريجاني أن ما يجري حاليا من "صحوة إسلامية في مختلف البلدان" يجب أن تدفع إلى "زيادة مدى اتصالات الحوزات العلمية على الصعيد الدولي." ورجح أن تتسبب هذه "الصحوة" بجعل "علماء أهل السنة يقفون في مكانهم الطبيعي،" وفقاً لما نقلته عنه وكالة الأنباء الإيرانية الرسمية. وكانت الأحداث في مصر، والتي انتهت بتنحي الرئيس حسني مبارك، قد شهدت أول تراشق علني بين الأزهر وكبار رموز النظام الإيراني، إذ رغم الخلاف السياسي الذي ساد لسنوات بين القاهرةوطهران، إلا أن المؤسسة الدينية المصرية حافظت على موقف وسطي حيال المذاهب غير السنيّة. فقد قام المرشد الإيراني، علي خامنئي، بإلقاء خطبة جمعة باللغة العربية لأول مرة، قال فيها إن الانتفاضة التي تشهدها مصر "توجه ضربة للسياسات الأمريكية في المنطقة، في خطبة جاءت مع "جمعة الرحيل" التي توعد فيها المحتجون في مصر إسقاط الرئيس، حسني مبارك." واعتبر خامنئي أن "الصهاينة يعلمون مدى الزلزال الذي سيحدثه انتقال السلطة في مصر وعودة هذا البلد إلى مكانته الحقيقية." وذكر أن انتفاضة مصر، وفي حال نجاحها، ستكون هزيمة نكراء للولايات المتحدة في المنطقة. وقد رد أحمد أبو الغيط وزير الخارجية المصري، على خامنئي، قائلاً: إن حديث مرشد الثورة الإيرانية عن التطورات الداخلية في مصر يكشف عن "مكنون ما يعتمل في صدر النظام الإيراني من أحقاد تجاه مصر." وأضاف أبو الغيط، لوكالة الأنباء المصرية الرسمية: "إن تمنيات المرشد بإقامة شرق أوسط إسلامي تقوده إيران إنما يكشف عما تسعى تلك الدولة لتحقيقه في المنطقة." وأدان شيخ الأزهر، أحمد الطيب، حينها بشدة التصريحات الإيرانية التي تناولت أوضاع مصر، وانتقد السياسات الإيرانية، التي قال إنها "تستخدم مرجعيتها الدينية العليا وتسخرها لتصدير النداءات التي تتناقض مع مبادئ الإسلام، وتخرج خروجا سافرا على صريح القرآن والسنة وإجماع الأمة،" وذلك في أعنف رد من أحد أكبر المرجعيات السنية على مواقف طهران.