انتقد بابا الفاتيكان بنديكت السادس عشر خلال زيارته لالأردن ما وصفه بالتوظيف الأيديولوجي للدين لغايات سياسية، مشددا على أهمية الحوار بين الأديان السماوية الثلاثة. وقال البابا في كلمة أمام حشد من الدبلوماسيين والأكاديميين بمسجد الحسين بن طلال بالعاصمة عمان "إنه بينما لا يمكن لأحد أن ينكر تاريخا من التوترات والانقسامات" فإنه يتعين على المسيحيين والمسلمين الحيلولة دون "استغلال الدين لأغراض سياسية أحيانا". وأضاف "هذا هو الحافز الحقيقي للتوتر والانقسام وأحيانا للعنف في المجتمع". وقال البابا إن على المسلمين والمسيحيين النضال كمؤمنين بالله "لأن تاريخنا المشترك أثقل غالبا بحالات سوء الفهم"، داعيا إلى مصالحة بين المسيحيين واليهود. وأضاف "أعتقد بقوة أنه بإمكان المسيحيين والمسلمين أن يقبلا مهمة التعاون لاسيما من خلال مساهمات كل منا في التعلم والبحث والخدمة العامة". وخلال زيارته لكنيسة الصياغة على جبل نبو غربي مدينة مادبا أعرب البابا عن أمله في أن يعمل المسيحيون واليهود جنبا إلى جنب من أجل إحلال السلام في العالم. واعتبر أن زيارته للشرق الأوسط هي تذكير بالعلاقة الوثيقة التي لا تنفصم بين الكنيسة الكاثوليكية والشعب اليهودي، مشيرا إلى أن وجوده في جبل نيبو "مصدر إلهام ورغبة في التغلب على جميع العقبات التي تحول دون تحقيق مصالحة بين المسيحيين واليهود". وكان بابا الفاتيكان قد أعرب لدى وصوله الجمعة إلى عمان في مستهل رحلة ستقوده إلى القدسالمحتلة وإسرائيل عن "احترامه العميق" للإسلام، إلا أن ذلك لم يعتبر اعتذارا من قبل جماعة الإخوان المسلمين بالمملكة وطالبه مراقبها العام همام سعيد باعتذار صريح. كما أعلن رئيس اتحاد العلماء المسلمين الشيخ يوسف القرضاوي عن تجميد علاقة الرابطة بالفاتيكان إلى حين حصول الاعتذار. ومن جهته قال المتحدث باسم الفاتيكان الأب فردريكو لومباردي إن البابا لم يخلع نعليه أو يصلي أثناء وجوده في المسجد مثلما فعل في أول زيارة لمسجد في تركيا في عام 2006 لكنه توقف في "لحظة تأمل تعبيرا عن الاحترام". وأضاف أن بنديكت ال16 لم يخلع نعليه أثناء تفقده للمسجد لأن مضيفيه لم يطلبوا منه ذلك. وانتقد كاثوليك محافظون البابا في عام 2006 بعد أن أدى صلاة مع إمام مسجد في إسطنبول. وانتقل بنديكت ال16 لاحقا إلى مدينة مادبا القريبة من جبل نبو حيث وضع حجر الأساس لجامعة مادبا التابعة للبطريركية اللاتينية. ووفق بيانات الجامعة فإنها ستضم 34 تخصصا تدرس من خلال سبع كليات تشمل ستة تخصصات في التجارة والعلوم المالية وأربعة في الهندسة وثمانية في العلوم الصحية وثلاثة تخصصات في تكنولوجيا المعلومات وأربعة في العلوم ومثلها في اللغات والاتصالات وخمسة في الفنون والتصميم.