كشفت الدفعة الثانية من خطابات أسامة بن لادن المضبوطة خلال غارة مايو 2011 على المجمع الذي كان يقيم فيه في أبوت أباد الباكستانية، عن وجود علاقة قديمة ومستمرة بين تنظيم القاعدة وإيران، إذ تضمنت عددا من الخطابات بشكل مباشر، ذكر إيران باعتبارها أحد مصادر التمويل لتنظيم القاعدة والراعية له بعد انفراط عقد التنظيم في كابل. ووصف خبراء علاقة إيران بالقاعدة بالزواج السري، إذ تعلن إيران في وسائل الإعلام مناوءتها للقاعدة، في حين تحتضن الرموز وتحتفظ ببعضهم أوراق ضغط ومساومة، في حين تمرر بعضهم للقتال في سورية. وأكد الخبير العسكري عمرو العامري أن إيران ضالعة ومتورطة في التعاون مع القاعدة من خلال شواهد منها، أنها نقلت العديد من مقاتلي القاعدة بينهم قيادات الصف الأول والقيادات الوسطى من تنظيم القاعدة وأسست لهم قاعدة في إيران عام 2002. ويتكفل مجلس إدارة تنظيمها بتكليف من ابن لادن لدعم التنظيم في أفغانستان وباكستان، مشيرا إلى أن من أعضاء المجلس البارزين عادل وسليمان أبو الغيث وأبو الخير المصري وأبو محمد المصري وأبو حفص الموريتاني. وأضاف أن حرس الثورة الإيرانية الجهة المسؤولة عن هذه المجلس، لافتا إلى أن إيران استغلت ضعف القاعدة ومطاردة الولاياتالمتحدة لها لتخضعها للمساومة والإقامة الجبرية لبعض قياداتها. ورأى الكاتب حسن بن سالم، أن أحداث ال11من سبتمبر 2001، شكّلت منعطفا حاسما في توثيق العلاقة بين القاعدة وإيران، إذ لجأ عقب الاجتياح الأمريكي لأفغانستان عام 2001 وسقوط حكومة طالبان، عدد من قيادات وأفراد وعائلات القاعدة إلى إيران، مؤكداً أنه في إطار تبادلية المصالح نال عناصر القاعدة حرية التحرك التي خولتهم جمع التبرعات والتواصل مع التنظيم المركزي للقاعدة، وتنظيمات وفروع أخرى تابعة للقاعدة. ولفت إلى أن أكثر من 100من أعضاء وعناصر القاعدة وعائلاتهم لجأوا إلى إيران وسكنوا بيوتا آمنة يشرف عليها الحرس الثوري. من جهتها أكدت الباحثة الأردنية فاطمة الصمادي، أن منسقين من القاعدة يشرفون على دخول أعضاء التنظيم إلى إيران. ويبقون في بيوت ضيافة حتى انتهاء ترتيبات سفرهم إلى الشام. وأضافت أن ذلك يتم بعلم الحكومة الإيرانية٬ وتحت أعين أجهزة استخباراتها.
