أصدرت وزارة الشؤون البلدية والقروية لائحة جديدة لنظافة محطات تقليل ملوحة المياه بهدف توفير الوسائل اللازمة لتنظيف وتطهير معدات المعالجة مع توفير الأجهزة والمعدات اللازمة لذلك، إضافة إلى وضع الملصقات الإرشادية الخاصة باتباع قواعد النظافة العامة في مختلف أجزاء المحطة، ومكافحة الآفات داخل المحطة والأماكن المحيطة بها، واستخدام الطرق الطبيعية مثل الصواعق الكهربائية لمكافحة الحشرات والأجهزة فوق الصوتية لمكافحة القوارض. وتستخدم المبيدات الحشرية فقط في حالة عدم فعالية الطرق الطبيعية السابقة مع ضرورة أخذ الاحتياطات اللازمة للتنظيف الجيد بعد استعمال المبيدات الحشرية للتخلص من آثارها على أن يتم التنظيف بالماء الساخن، والصابون والمنظفات الصناعية للتخلص من بقايا المبيدات قبل استخدام الآلات. مع لصق بطاقة بيان على عبوات المبيدات والمنظفات والمطهرات كما يمنع منعاً باتاً تخزين أي من هذه المواد في أماكن المعالجة، والتخلص من الأملاح المتبقية من عمليات المعالجة أولاً بأول بعد أخذ موافقة البلدية، كما تم تجميع النفايات في أكياس بلاستيكية داخل حاويات محكمة الغلق من النوع الذي يفتح غطاؤه ذاتياً بالضغط على القدم مع ربط الأكياس. إلى جانب غسل وتطهير أرضيات وحوائط المحطة يومياً وضرورة تنظيف وغسل أرضيات وحوائط المحطة يومياً، كما يجب غسل وتنظيف صهاريج السيارات وتعقيمها بصفة دورية كلما استدعى الأمر.
