أبرز مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث "مؤسسة عامة" المستشفى الرئيس ومركز الملك فهد الوطني لأورام الأطفال المعوقات الرئيسية للتشغيل التي يواجهها، بتزايد الطلب على خدماته التخصصية الدقيقة في ظل محدودية الطاقة الاستيعابية، وصعوبة استقطاب بعض الكوادر المتميزة والمحافظة عليها، إضافة إلى تزايد أسعار الأجهزة والمستلزمات الطبية، وإجراءات الحصول على التأشيرات والتغير في قيمة العملات العالمية. وشكّل إلغاء بعض المزايا والبدلات الممنوحة للموظفين السعوديين التي كانت حافزاً رئيسياً في استقطاب الكفاءات وبقائها سبباً رئيسياً في تسرب هؤلاء الموظفين وعزوف الكثير من المؤهلين عن الانضمام للمؤسسة، مما أثر أيضاً في الإبطاء بسعودة بعض الوظائف. وأبدت المؤسسة قلقها من تسرب الكوادر الطبية المتميزة والإدارية والمالية ذات الخبرة أيضاً، وقالت أن السنوات الثمانية الماضية حملت في طياتها تغيرات كبيرة في وسائل استقطاب الكفاءات في الجهات الصحية، وأصبحت المزايا المالية أقل من مثيلاتها في العديد من القطاعات الأخرى، كما أصبحت هناك منافسة من مراكز صحية في منطقة الخليج وأخرى عالمية بسبب شح الكفاءات المتميزة، والمنافسة على الكفاءات الإدارية من قِبَل كبريات الشركات التي أخذت في التزايد بسبب الانتعاش الاقتصادي الذي تشهده المملكة، إضافة إلى ما شهده القطاع الصحي بالمملكة من تغير بسبب تطبيق التأمين الصحي التي أوجدت منافسة حادة على الكوادر المتميزة. وترى المؤسسة لحل هذه الإشكالية الكبيرة ،مراجعة المزايا المالية الرواتب والبدلات بصفة دورية والاسترشاد بالمزايا المالية العالمية لضمان المحافظة على القدرة التنافسية. واقترحت إعادة البدلات التي ألغيت على بعض الفئات والمهن في المستشفى للمحافظة على الكوادر، والتوسع في دعم القوى العاملة في المستشفى من خلال دعم ميزانية الابتعاث والتدريب لإعداد الكوادر المؤهلة. وأكد التقرير الأخير للمستشفى عن العام المنصرم 301431، أن هناك أكثر من 48 ألف تقرير طبي سنوي يقبل منها 48% فقط، ويتمثل التحويل من الجهات الحكومية المختلفة بما فيها الهيئات الطبية 60%. ويتم تقديم 40% منها مناولة بواسطة المريض، وزاد المستشفى عدد أسّرة التنويم وأسّرة اليوم الواحد ليصبح الإجمالي 1282 سرير. واقترحت المؤسسة العامة لمستشفى الملك فيصل التخصصي زيادة الطاقة الاستيعابية بنسبة 42% لمواجهة الأعداد المتزايدة من المرضى الذين يعانون من الحالات المستعصية، من خلال بناء مرافق إضافية سواء أكنت أسّرة عناية مركزة أو عادية وغرف عمليات، واستقطاب الكفاءات المتخصصة اللازمة لتشغيل مثل هذه المرافق الإضافية من أطباء وهيئة تمريض وفنيين. وطالبت المؤسسة بدعم جهوده بقصر الإقامة فيها على الحالات المستعصية والحد من قبول الحالات التي لا تستدعي رعاية تخصصية، لضمان استيعاب أعداد أكبر من المرضى المحتاجين إلى عناية تخصصية، وعدمه أيضاً في إعادة المرضى الذين قُبلوا إلى مستشفياتهم بعد تشخيص وعلاج ما يعانون منه واستقرار حالتهم. وفي شأن أسعار الأدوية، أكد التقرير تصاعد تكاليفها في السنوات الأخيرة خاصة أدوية علاج الأمراض المستعصية أو الحادة مثل أدوية العلاج الكيميائي لأمراض السرطان وأدوية منع الرفض في حالة زراعة الأعضاء وأدوية الإنزيمات لعلاج الأمراض الوراثية المحتكر تصنيعها للشركات التي طورتها، وأستشهد التقرير بأن علاج المريض الواحد المصاب بسرطان الدم الأبيض يكلف ما يزيد عن 300 ألف ريال سنوياً، وعدد المرضى يزداد سنوياً مما يجعل أعدادهم تراكمية ،أما أدوية الإنزيمات لعلاج من يعانون من أمراض وراثية مثل (جوتشر) الذي يحتاج إلى تعويض إنزيمي مدى الحياة وتزيد تكاليف علاج المريض الواحد عن 500 ألف ريال سنوياً، وتقترح المؤسسة الاستمرار في زيادة دعم الاعتمادات المخصصة للأدوية اللازمة لعلاج الحالات المستعصية لتغطية هذه التكاليف. وفيما يتعلق بالوضع الراهن للقوى البشرية في مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث فقد بلغ إجمالي الموظفين (8،454) موظفاً، منهم (3،546) سعودياً بنسبة 42% من عدد الموظفين، وبلغ إجمالي القوى العاملة في الوظائف الفنية الصحية في المستشفى 1389 موظفاً منهم 634 سعودياً بنسبة 46%، وتجاوز عدد الأطباء 560 ،الاستشاريون والمشاركون 418 منهم 274 من السعوديين بنسبة قدرها 66%، ولم يتجاوز عدد العاملين في وظائف التمريض من السعوديين نسبة 7% وعددهم 147 ممرضاً من إجمالي تجاوز 2000 موظف.
