يقدم الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين نفسه ممثلا عن المسلمين بكافة مذاهبهم وأطيافهم، وأنّه لا يعادي الحكومات، ولا ينحاز لحزب فهو مؤسسة مستقلة لا تتبع لدولة ولا جماعة ولا طائفة بما يوحي بأنها مؤسسة علمية إسلامية، إلا أنّ الواقع العملي يكشف غير ذلك. ففي دلالة على انحيازه وتبنية لأفكار غريبة على الإجماع الإسلامي، شهد الاتحاد استقالة مجموعة من العلماء الأفاضل أمثال محمد سليم العوا، محمد هيثم الخياط، الشيخ أحمد بن بيه، أحمد الريسوني، الشيخ أحمد الخليلي. هذا وقد حذرت هيئة كبار العلماء جموع المسلمين من هذه الاتحادات بقولها إنه من خلال رصدنا لما يصدر عن هذه الاتحادات، لا سيما ما يسمى بالاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، لاحظنا أنه ينطلق من أفكار حزبية ضيقة، مقدماً مصلحة حركته على مصلحة الإسلام والمسلمين، وأن لهذا الاتحاد دور في إثارة الفتن في بعض الدول الإسلامية والعربية على وجه الخصوص.
