تخسر الحكومة المصرية سنويا نحو 3 مليارات جنيه، نتيجة لملايين الأطنان من الملوثات الصناعية والزراعية والطبية والسياحية التي تلقى بنهر النيل سنويا، وفقا لتقرير وزارة البيئة المصرية الذي أشار إلى أن الملوثات الصناعية غير المعالجة أو المعالجة جزئيا التي يقذف بها في عرض النهر تقدر بنحو 4.5 ملايين طن سنويا، من بينها 50 ألف طن مواد ضارة جدا، و35 ألف طن من قطاع الصناعات الكيميائية المستوردة. وأوضح التقرير أن نسبة الملوثات العضوية الصناعية التي تصل إلى المجاري المائية تصل إلى 270 طنا يوميا، التي تعادل مقدار التلوث الناتج عن 6 ملايين شخص، كما تقدر المخلفات الصلبة التي تلقى في النهر سنويا بنحو 14 مليون طن، بينما يبلغ حجم الملوثات الناتجة عن المستشفيات سنويا بما يقدر بنحو 120 ألف طن سنويا من بينها 25 ألف طن مواد تدخل في حيز شديدة الخطورة. ودعا التقرير إلى ضرورة التخلص من هذه المخلفات بطريقة أكثر أمنا على سلامة المواطن بعيدا عن قذفها في النيل، حيث تتمثل ملوثات الصرف الزراعي في المخلفات الزراعية وناتج حرقها، وكذلك بقايا الأسمدة والمبيدات سواء كانت مبيدات مسموحاً بها أو محظور استخدامها، فضلا عن ملوثات الصرف الصحي في القرى والريف التي تصرف مخلفاتها إلى النيل مباشرة في كثير من الأحيان، بالإضافة إلى مخلفات الناتجة عن الأنشطة السياحية من المراكب الراسية على سطح النيل. وكشف التقرير عن أن كل هذه الملوثات تكبد الحكومة المصرية خسائر اقتصادية كبيرة تصل إلى 3 مليارات جنيه سنويا بما يعادل 6 % من إجمالي الناتج القومي، مما ترتب عليه إغلاق وتوقف أكثر من 8 محطات لضخ ورفع المياه تبلغ قيمة كل منها أكثر من 20 مليون جنيه، وتوقف الاستفادة من أكثر من 2.4 مليار متر مكعب من المياه سنويا، مما يؤدي إلى حدوث فاقد زراعي كبير نتيجة إلقاء الملوثات في المصارف والترع المائية. ويشير التقرير إلى أن عملية تغطية المصارف الزراعية لا تمثل حلا جذريا لهذه المشكلة، لأن انسداد تلك المصارف يحتاج إلى جهد ووقت ومال كبير لإعادتها إلى طبيعتها، مؤكدا أن هناك خطة قومية لحماية الموارد المائية من التلوث تشمل برنامجا متكاملا للتحكم والسيطرة على جميع مصادر التلوث، بتكلفة تبلغ أكثر من 10 مليارات جنيه حتى عام 2017، حيث تم حصر مصادر التلوث على النيل وفروعه، وكذلك كافة المجاري المائية والصرف من خلال 290 موقع قياس للمياه السطحية و200 نقطة مراقبة للمياه الجوفية التي حدث بها تلوث، مضيفا أنه يجري الآن إعداد قانون جديد للري والصرف لمواجهة المتغيرات الاجتماعية والاقتصادية التي طرأت على المجتمع المصري، تمهيدا لإصدار قانون شامل للري والصرف تكون عقوباته رادعة وشاملة لكافة مصادر التلوث في نهر النيل. وطبقا للتقرير فإن التحديات التي تواجه نهر النيل تتمثل في وجود ما بين 2.4 3 مليارات متر مكعب من المياه الناتجة عن معالجة مياه الصرف الصحي، وعلى الرغم من أن وزارة الإسكان تتكلف الملايين من أجل معالجة هذه المياه غير تكلفة المحطات، لكن من الصعب فتح هذه المياه على النيل لأنها ستصيبه بالتلوث، مما ألجأ وزارة البيئة إلى زراعة آلاف الأفدنة بالغابات الخشبية التي تروى بمياه الصرف بعد معالجتها في مدن الإسماعيلية والسادات والوادي الجديد وأسوان والغابات كلها على أراض رملية. وتتمثل أهم مصادر التلوث على نهر النيل في المصانع حيث يوجد 34 منشأة صناعية بحاجة لتصوب أوضاعها لخطورتها على النيل، مبينا أن الوزارة تقدم قروضا ومساعدات لتسهيل تحويل هذه المصانع إلى صديقة للبيئة. وأضاف التقرير أن النشاط البشري يعتبر أيضا أحد مصادر التلوث الخطيرة على النهر ويندرج تحت هذا العنوان غسيل الملابس في النهر، والتخلص من المخلفات الصلبة والقاذورات وجثث الحيوانات النافقة وأن علاج هذا الجانب لن يتحقق بدون التوعية البيئية، وهو ما تسعى إليه الوزارة لنشر التوعية البيئية في كل القرى المطلة على نهر النيل وفروعه، حيث إن سياسة التوعية البيئية في مصر الآن أصبحت مختلفة ومتطورة أكثر من الماضي، فإلى وقت قريب كانت الطائرات تقوم برش القطن بالمبيدات وسط فرحة الفلاحين، وهذه المبيدات كان يسقط نصفها في نهر النيل، وتتسبب في نفوق أسماك تقدر بآلاف الأطنان، ولخطورة هذا التصرف تم وقف العمل به بالاتفاق مع وزارة الزراعة. كما كانت المراكب السياحية الفاخرة المقامة على سطح النيل تفرغ مخلفاتها من الصرف الصحي والمواد الصلبة داخل النهر، ولعلاج المشكلة تم إنشاء محطات ثابتة لتفريغ هذه المخلفات.
