طالبت هيئة حقوق الإنسان في مجال القضاء بإعداد مشروع نظام جزائي لتدوين أحكام الحدود والقصاص والديات وتقنين الجرائم والعقوبات التعزيرية، مع الأخذ بمبدأ العقوبات البديلة متى كان ذلك ممكناً، إضافة إلى تدوين أحكام الفقه الإسلامي المتعلقة بالأحوال الشخصية، والإسراع بإنشاء المحاكم المتخصصة ونقل الاختصاصات إليها، داعية إلى زيادة عدد القضاة بما يتلاءم مع تزايد الدعاوى المرفوعة أمام المحاكم بما يضمن سرعة الفصل وضمان حقوق المتقاضين. ودعت الهيئة في تقريرها إلى تطوير المناهج الدراسية والتطبيقية في كليات الشريعة والحقوق، واستحداث برامج تخصصية لتأهيل القضاة وفقاً لتخصص المحاكم، وتضمينها مواد ومواضيع تتعلق بمجالات حقوق الإنسان، وتفعيل دور قاضي التنفيذ بما يكفل سرعة تنفيذ الأحكام القضائية، والإسراع بفتح أقسام نسائية في المحاكم لتقديم الاستشارات. وأوصت حقوق الإنسان بإيراد نص في نظام الإجراءات الجزائية أو لائحته التنفيذية يوجب العمل على تبصير المتهم بحقوقه والضمانات المتاحة له عند القبض عليه، وتسهيل إجراءات الاستعانة بمحامٍ أو وكيل أثناء مرحلة جمع الاستدلالات والتحقيق والمحاكمة، ووضع وتعزيز التدابير والآليات الوقائية لمنع وقوع التعذيب من خلال تدريب رجال الأمن في مجالات حقوق الإنسان والعدالة الجنائية، ووضع برامج للزيارات الدورية لتفتيش ومراقبة السجون ومراكز الشرط ودور التوقيف، والإعلان عن إجراءات تلقي الشكاوى ومعالجتها، ووضعها في أماكن بارزة في هذه الجهات ليتسنى الاطلاع عليها من ذوي الشأن. وشددت الهيئة في توصياتها على أهمية سرعة البت في قضايا السجناء والموقوفين واعتبارها من القضايا العاجلة، ومحاسبة كل من يتسبب في تجاوز مدة التوقيف المنصوص عليها نظاماً، وتفعيل ما قضى به نظام السجن والتوقيف حيال الإفراج عن المسجون أو الموقوف قبل ظهر اليوم التالي لانقضاء العقوبة أو مدة التوقيف، والعمل على عدم إبقائه في السجن على أساس تهم أخرى ما لم يكن قد صدر في حقه أمر بالتوقيف أو حكم بالإدانة، داعية إلى العمل على تنفيذ ما ورد في نظام الإجراءات الجزائية بشأن الإفراج في الحال عن المتهم الموقوف إذا كان الحكم بعدم الإدانة أو بغير عقوبة السجن أو إذا كان المتهم قضى مدة العقوبة المحكوم بها أثناء توقيفه، وتفعيل أحكام نظام السجن والتوقيف في شأن قواعد الإفراج الصحي والإفراج المشروط، وتوضيح أحكامهما للسجناء والموقوفين، وتطوير وتحسين الخدمات المقدمة في السجون كالإعاشة والرعاية الصحية، والعمل على تلافي الاكتظاظ فيها بما يكفل أداء مهماتها الإصلاحية، مع مراعاة تصنيف السجناء وفقاً لنوع القضايا والفئات العمرية، وتنظيم قواعد لإجراءات تلقي الشكاوى ودرسها والفصل فيها وإعلانها للسجناء والموقوفين كافة، وتحسين ظروف وإجراءات زيارة ذوي السجناء والموقوفين بما يراعي ظروف المرضى وكبار السن والنساء والقادمين من أماكن بعيدة، وزيادة عدد الزيارات ومددها وأوقات الخلوة الشرعية.
