حذر عدد من الباحثين والأكاديميين من أن تصويت جنوب السودان لصالح الانفصال وإنشاء دولة جديدة سيهدد –رغم بعض الفوائد الاقتصادية الظرفية- على المدى البعيد دولة أوغندا بالتفكك. وقد ورد هذا التحذير خلال ندوة انتظمت خلال اليومين الماضيين بالعاصمة السودانية الخرطوم وبحثت (جوار السودان واستفتاء تقرير مصير الجنوب). واتفق أغلب المحاضرين على أن أوغندا تعتبر من أكبر مؤيدي الانفصال رغم الموقف الرسمي لكمبالا الداعم لحرية الجنوبيين في تقرير مصيرهم. وقال الباحث بجامعة ماكيريري الأوغندية سمبا إن حجم الصادرات الأوغندية إلى جنوب السودان تضاعف ثلاث مرات منذ توقيع اتفاق السلام بين شمال السودان وجنوبه ليصل إلى حوالي 250 مليون دولار, إضافة إلى العائدات الضخمة من التجارة (غير الرسمية) التي وصلت في 2008 حوالي 900 مليون دولار. وقد حذر الباحث من أن هذه المكاسب الاقتصادية الظرفية لأوغندا لا يمكن أن تحجب التهديد الكبير الذي قد يصل إلى وحدة هذا البلد واستقراره على المدى البعيد.