يسعى معهد خادم الحرمين الشريفين لأبحاث الحج والعمرة إلى تكوين سجل تاريخي متكامل عن شؤون الحج والمدينتين المقدستين والمشاعر المقدسة، وقد عمل المعهد على جمع المخطوطات والوثائق المتعلقة بمكة المكرمةوالمدينةالمنورة التي يضمها في أرشيفه بشكل منهجي وتقني متطور. وفي هذا الإطار شكل المعهد فريق عمل مهمته تقديم أول نتاج عملي في أوائل عام 1415ه لجمع الوثائق التاريخية وتصويرها من مصادرها الأصلية وقسم الفريق إلى مجموعتين الأولى اتجهت إلى دولة تركيا للحصول على الوثائق والصور والخرائط التاريخية والأخرى اتجهت إلى دولة مصر لذات الغرض وتم إحضار الوثائق إلى المعهد وإنشاء وحدة خاصة بها. وأبان عميد المعهد الدكتور عبدالعزيز سروجي أن أغلب المخطوطات تم تصويرها من أرشيف رئاسة مجلس الوزراء في اسطنبول نظرا لما يحويه من مئات الألوف من الوثائق العثمانية و من دار الوثائق القومية بالقاهرة، وقد تم فرزها وترجمة ما تسنّى منها ووضع تصنيف خاص لها بالمعهد. وبلغ عدد الوثائق المفهرسة من الأرشيف العثماني في اسطنبول (560) وثيقة شملت (159) مجموعة وفق تصنيف المعهد كما بلغ عدد الوثائق المفهرسة من دار الوثائق القومية بالقاهرة (68) وثيقة، وبلغ مجموع الوثائق التي تمت فهرستها وتصنيفها (634) وثيقة. وقد قام المعهد مؤخراً بتكليف شركة متخصصة بعمل أرشفة رقمية شاملة لكل الخرائط والصور والأفلام التاريخية منها والحديثة من خلال سحب (المادة) إلكترونيا من خلال الماسحات الضوئية ومن ثم تصنيفها حسب التاريخ والمكان والغرض وإعطاء المادة المسحوبة رقما معينا مرموزا بما يخص مناسبة المادة مثل (الافتراش) وخلافه وحاليا تم تزويد وكلاء المعهد ورؤساء الأقسام ب(يوزرات) تتيح لهم الدخول للموقع المخصص للأرشفة الرقمية للبحث عن المعلومة المستهدفة وكانت تلك الخطوة نقلة نوعية بعد أن كان المعهد يستخدم الأرشفة اليدوية التقليدية. وتضم المخطوطات الموجودة في أرشيف المعهد العديد من الموضوعات المختلفة فيما يتعلق بشؤون الحج والعمرة والمدينتين المقدستين، وكذلك المشاعر المقدسة، وموضوعاتها تشمل الموضوعات السياسية والاقتصادية والدينية والتاريخية فهناك على سبيل المثال مخطوطة صدرت في الخامس والعشرين من شهر رمضان المبارك عام 1263ه بخصوص ترميم الكتب القديمة الموجودة في مكتبات المدينةالمنورة وهي دالة على العناية بالمكتبات والمخطوطات الأثرية وهناك أيضا وثيقة حول معروض من مدير الحرم المكي الشريف محمد الأمين إلى ما كان يعرف ب(الصدارة) حول تعمير وترميم الأماكن المباركة بمكة المكرمةوالمدينةالمنورة بحسب وصف المخطوطة وكلها تقريبا تتمحور حول متعلقات الحج.
