تسعى الهيئة لتحقيق رؤيتها المستقبلية، من خلال التنظيم والمراقبة والإشراف على الغذاء والدواء، وسائر المنتجات والمستحضرات المتعلقة بها، والأجهزة الطبية سواء أكانت مستوردة أم مصنعة محلياً، وتوعية المستهلك بكل ما يتعلق بذلك، حتى تتحقق الأهداف المنشودة من خلال سلامة وأمان وفاعلية الغذاء والدواء للإنسان والحيوان، وأمان المستحضرات الحيوية ومستحضرات التجميل، إضافة إلى أمان مبيدات الآفات الزراعية، وسلامة المنتجات الالكترونية من التأثير في الصحة العامة، والتأكد من دقة معايير الأجهزة الطبية والتشخيصية وسلامتها. وتأتي فكرة إنشاء الهيئة التي انبثقت من اللجنة الوزارية للتنظيم الإداري برئاسة الأمير سلطان، بحيث تكون هيئة رقابية تعنى بجودة الغذاء والأجهزة الطبية وسلامتها، حرصاً على صحة المواطن وسلامته، ولضمان جودة عالية للمأكل والمشرب والعلاج، ولمنع تعريض المواطن لأي مواد غذائية أو علاجية لا تتوافر فيها المقاييس والشروط الصحية المتبعة في الدول المتقدمة. ونتيجة لهذا التوجه، أسست الدولة الهيئة العامة للغذاء والدواء، التي تتشرف برئاسة ولي العهد لمجلس إدارتها. وجاءت فكرة إنشاء الهيئة من أجل وضع السياسات والإجراءات الواضحة للغذاء والدواء، والتخطيط لتحقيق هذه السياسات وتفعيلها، والإشراف على الإجراءات الخاصة بالتراخيص لمصانع الغذاء والدواء والأجهزة الطبية ومراقبتها، وإجراء البحوث والدراسات التطبيقية للتعرف على المشكلات الصحية وأسبابها وتحديد آثارها، ووضع قاعدة علمية يستفاد منها في الأغراض التثقيفية والخدمات الاستشارية.
