كشفت دراسة أعدها مدير معهد الإدارة العامة الدكتور عبدالرحمن الشقاوي عن وجود العديد من القضايا والتحديات التي تواجه بناء الهياكل التنظيمية في القطاع الحكومي، ما يؤدي لإعاقة أدائه، وهي عدم تحديد الأهداف والمهام الرئيسية للكثير من الأجهزة الحكومية بشكل واضح ودقيق، تعدد وتعارض الأهداف والأولويات، عدم مواكبة الهياكل التنظيمية في معظم الأجهزة الحكومية لمتطلبات العمل اليومية ما يجعلها غير قادرة على التوفيق بين متطلبات العمل وقدرتها الفعلية على تحقيق هذه المتطلبات، وكذلك كثرة القطاعات وكثرة الوكلاء والوكلاء المساعدين في بعض الأجهزة الحكومية، معاناة بعض الأجهزة الحكومية من الازدواجية والتداخل والتنازع في الاختصاصات، ضعف ممارسة وظيفة التخطيط بسبب انشغال القيادات الإدارية بأعمال تنفيذية، ضعف التنسيق بين الوحدات الإدارية. وبين أن العديد من الإدارات الحكومية مصابة بالترهل، ما يبرر عدم الحاجة الفعلية لها، وقال: «في كثير من الأحيان يتم إنشاء أجهزة إدارية جديدة أو فصل وحدات عن وزارات قائمة وتحويلها لهيئات أو مؤسسات دون اعتبار سليم وتمحيص دقيق للحاجة الفعلية، وهي تخضع لاجتهادات فردية أكثر منها فنية». واشتكى الشقاوي من تقادم الأنظمة واللوائح وضعف الصياغة في بعض الأنظمة المعمول بها وكثرة التعديلات وعدم صدور لوائح تنفيذية وتفسيرية لكثير من الأنظمة، مشيرا إلى أنه لا تزال إدارة الأداء والإنتاج والخدمات وأساليب الرقابة المالية والإدارية والمساءلة الشفافية في غالبية أجهزة القطاع الحكومي دون المأمول منها طبقا للمعايير التي يتطلع لها ولاة الأمر .