دعا مجلس علماء باكستان الدول العربية والإسلامية إلى توحيد المساعي والجهود للقضاء على جميع أشكال العنف والتطرف في المجتمع الإسلامي. وأعلن المجلس خلال المؤتمر الدولي الثاني باسم "رسالة الإسلام" في العاصمة الباكستانية إسلام آباد، الرفض التام لما يقوم به المتطرفون باسم الإسلام من استباحةٍ للدماء والأموال والأعراض، والإسلام منهم براء. وأكد المجلس ضرورة الدعوة إلى الحوار بين أتباع المذاهب الإسلامية والأديان الأخرى لتوضيح صورة الإسلام السمحة. ورحب المجلس بمشاركة جمهورية باكستان الإسلامية في التحالف الإسلامي العسكري، وشكر الدول الأعضاء في التحالف على ثقتهم في جمهورية باكستان الإسلامية والتي تتمثّل في تعيين الجنرال راحيل شريف في قيادة التحالف، وإدانة جميع المحاولات الأجنبية البائسة لإثارة الجدل في تعيين الجنرال راحيل شريف. وأعلن المجلس عن الاستعداد التام لفداء الحرمين الشريفين، واعتبار الدفاع عن أمن وسلامة الحرمين الشريفين من صميم الإيمان، ورفض تحمّل وقبول أية مؤامرات للعبث بأمن بلاد الحرمين أو المساس بسلامتها. ورحب المجلس بفكرة إنشاء اتحادٍ فكريٍ إسلاميٍ يسعى إلى توحيد المصادر الفكرية الإسلامية للارتقاء بالمجتمع الإسلامي إلى النموذجية الفكرية. وأدان المؤتمر الانتهاكات والمظالم التي يتعرض لها المسلمون في العراق وسوريا واليمن وفلسطين وكشمير المحتلة، ومطالبة مؤتمر الدول الإسلامية والأمم المتحدة باتخاذ إجراءات صارمة لإيقاف هذه الانتهاكات. كما أدان الهجوم الكيميائي المتكرر على الشعب السوري الباسل، والمطالبة بالنزول عند رغبة الشعب السوري بإسقاط نظام بشار الأسد كما أعلن المؤتمر عن الدعم والتأييد الكامل لقضية تحرير فلسطين وكشمير المحتلتين. والتأييد الكامل لعملية "رد الفساد" التي يُنفّذها الجيش الباكستاني ضد الإرهاب والطائفية في باكستان، ومطالبة الأحزاب السياسية والدينية الباكستانية بدعم المؤسسة العسكرية الباكستانية وتوعية الشعب ضد الإرهاب والطائفية. وأدان الحملة الآثمة للإساءة إلى النبي -صلى الله عليه وسلم- على وسائل التواصل الاجتماعي، ودعوة الدول الإسلامية إلى توحيد جهودها بهذا الصدد. كما أدان التدخلات الأجنبية في شؤون اليمن والعراق وسوريا والدول العربية والإسلامية الأخرى، ومطالبة إيران باللجوء إلى الحوار مع الدول العربية والإسلامية بدلاً من إثارة الفتنة التي لن يتم القبول بها بتاتاً. وحضر المؤتمر من خارج باكستان مسؤولون سعوديون، ومندوبون أتراك، وممثلون للدول العربية والإسلامية إضافة إلى أعضاء البعثات الدبلوماسية العربية والإسلامية في إسلام آباد، كما شارك في المؤتمر وزراء ومسؤولون وكبار العلماء الباكستانيين إلى جانب 5000 مشارك من علماء باكستان، وأعلنت رئاسة مجلس علماء باكستان في تصريح صحفي النجاح الباهر للمؤتمر الذي بايع في ختامه 5000 من علماء باكستان رئيسَ مجلس علماء باكستان الشيخ طاهر أشرفي والوفدَ السعودي على الدفاع عن بلاد الحرمين الشريفيْن.
