أكدت تقارير صحفية أن قطر نقلت في إحدى طائراتها 60 يهودياً يمنياً لإسرائيل في شتاء 2013. وكانت الدوحة عملت على نقلهم بهدوء من اليمن بتنسيق مع تل أبيب، في وقت عانى يهود اليمن من تهجير قسري نفذته ميليشيات الحوثي الطائفية المدعومة من إيران في الأعوام الأخيرة في شمال البلاد. وجاءت عملية نقل اليهود اليمنيين إلى تل أبيب برعاية حكومة الاحتلال وبتنسيق قطري، دون أن ينفي القطريون ذلك، كون الدوحة تمتلك شبكة علاقات كبيرة مع الحوثيين وقوى الإخوان المسلمين في اليمن، ويرى مراقبون أن الصفقة لا تخرج من إطار العلاقات القوية بين الدوحة وتل أبيب التي بدأت بعد عام من انقلاب حمد بن خليفة على والده وتسلمه زمام السلطة في الإمارة الصغيرة. ورغم الفارق الزمني بين نقل قطر لليهود اليمنيين إلى إسرائيل وفضيحة ترحيل يهود "الفلاشا" عبر السودان التي هزت الخرطوم، تبقى العمليتان في إطار واحد ومتشابهتين في الخطوط العريضة كما يراهما مراقبون. وأشارت تقارير إسرائيلية إلى وصول مجموعة من اليهود المتبقين في اليمن إلى إسرائيل في عملية سرية، وقالت الوكالة اليهودية إنها نفذت عملية سرية معقدة لإعادة 19 يهودياً يمنياً إلى إسرائيل، بحسب موقع BBC. ويعتقد وجود أعداد يسيرة من اليهود في اليمن من بينهم أشخاص يرفضون الهجرة إلى إسرائيل، وتبقى أعدادهم غير دقيقة ومتضاربة. ولم تقف الاتصالات القطرية بالحكومة منذ افتتاح مركز إسرائيلي "تجاري" في الدوحة، وفي ظل "تكتم حكومي" زار شمعون بيريز الدوحة عام 1996 كأول مسؤول إسرائيلي يزور الدوحة. ويسرد كتاب "قطر وإسرائيل – ملف العلاقات السرية" الذي ألفه المدير السابق لمكتب المصالح بين البلدين في الدوحة بين العامين 1996 و1999 سامي ريفيل، إنه من الصعوبة تأسيس العلاقات القطرية – الإسرائيلية لولا عمل حكومة الدوحة على تذليل كافة الصعوبات وتقديم تسهيلات اقتصادية كبيرة.
