وجه وزير الخارجية السابق مايك بومبيو، الاتهام إلى إيران بإيوائها لعمليات سرية لدعم تنظيم القاعدة، مشيرا إلى أنها أصبحت «أفغانستان الجديدة»، البلد الذي كان مقر القاعدة في عام 2001 عندما شنت هجمات 11 سبتمبر، مضيفا بأن إيران سمحت لتنظيم القاعدة بفتح مقر جديد للعمليات في طهران، مما أعطى قادتها حرية أكبر في التنقل، فضلاً عن الدعم اللوجستي من الحرس الثوري الإيرانى، ووزارة الاستخبارات والأمن لتنفيذ هجمات ضد الولاياتالمتحدة وحلفائها. جاء ذلك في خطاب ألقاه في نادي الصحافة الوطني في يناير 2021. داعمة للإرهاب صُنفت جمهورية إيران من قبل وزارة الخارجية كدولة راعية للإرهاب، لأنها تقوم بتدريب وتمويل وتسليح وتدعم طائفة واسعة من الميليشيات الإرهابية، في غزة والعراق ولبنان وسوريا واليمن. كما أن النظام الشيعي المتطرف في إيران أعطى الأولوية لدعم الجماعات الشيعية المتطرفة، مثل حزب الله، إلى جانب تاريخها الطويل في دعم الجماعات الإرهابية العربية السنية، مثل حماس والجهاد الإسلامي المتطرف في فلسطين، وكذلك القاعدة. الأمن القومي الأمريكي على الرغم من أن الشيعة في إيران والقاعدة السنية لديهما أيديولوجيات وأجندات طائفية متضاربة، إلا أنهما يشتركان في العديد من الأعداء، بما في ذلك الولاياتالمتحدة وإسرائيل والعديد من الدول العربية. من خلال حماية القاعدة وتمكينها سرًا، ساعدت طهران في الحفاظ على عدو أعدائها، وزادت من زعزعة الاستقرار، لذا يسمح التنسيق المحدود بين كل من إيران والقاعدة بتوسيع تهديداتهما للولايات المتحدة وحلفائها. تعاون منظم في أواخر عام 1991 أو 1992، أفضت المناقشات في السودان بين عناصر القاعدة والإيرانيين، إلى اتفاق غير رسمي للتعاون في تقديم الدعم - حتى لو اقتصرعلى التدريب فقط - بعد ذلك بوقت قصير، سافر كبار عناصر القاعدة والمدربين إلى إيران لتلقي التدريب على المتفجرات. و في عام 1993، ذهب وفد آخر إلى سهل البقاع في لبنان، لمواصلة التدريب على المتفجرات وكذلك في مجال المخابرات والأمن. وقد أوصت إحدى اللجان بضرورة إجراء مزيد من التحقيقات، لدراسة روابط إيران بالقاعدة. وخلصت أيضًا إلى أن تنظيم القاعدة ربما يكون قد ساعد إرهابي حزب الله السعودي المدعوم من إيران، الذي نفذ تفجير يونيو 1996 مما أسفر عن مقتل 19 من أفراد القوات الجوية الأمريكية، في مجمع أبراج الخبر السكني في المملكة العربية السعودية. ملجأ القاعدة وجد العديد من كبار قادة تنظيم القاعدة ملجأ في إيران، عندما فروا من أفغانستان في عام 2003 بعد سقوط حلفائهم من طالبان. ونفت إيران وجودهم من البداية. وبعد ذلك، ادعى إرهابيو القاعدة أنهم مسجونون أو قيد الإقامة الجبرية، وغير قادرين على شن الهجمات. إلا أن صحيفة واشنطن بوست ذكرت في 14 أكتوبر 2003 أن مسؤولي الاستخبارات الأمريكية، توصلوا إلى أن التفجير الإرهابي الذي وقع في المملكة العربية السعودية في مايو عام 2003، تم التخطيط له وتوجيهه من قبل قادة القاعدة الموجودين في إيران. كما عززت المعلومات الاستخباراتية، التي تم جمعها خلال الغارة الأمريكية على مجمع زعيم القاعدة أسامة بن لادن، في باكستان في عام 2011، الروابط بين إيران والقاعدة. حيث عثر فريق العمليات الخاصة الابتدائية للبحرية الأمريكية «Navy SEAL» الذي قتل بن لادن، على نسخة من رسالة أرسلها إلى أحد مرؤوسيه كتب فيها: «إيران هي الشريان الرئيسي للأموال والموظفين والاتصالات، ليست هناك حاجة للقتال مع إيران، إلا إذا كنت مجبرًا على ذلك.» وفي 13 نوفمبر 2020، ذكرت صحيفة نيويورك تايمز، أن مسؤولي المخابرات الأمريكية كشفوا أن زعيم القاعدة الثاني، أبو محمد المصري، مطلوب من قبل الحكومة الأمريكية، بتهمة التخطيط لتفجير شاحنتين مفخختين عام 1998 لسفارتين أمريكيتين في إفريقيا ومناطق أخرى. إيران ساعدت إرهابيي القاعدة ب: فتح مقر جديد لعملياتهم في طهران أعطت قادتها حرية أكبر في التنقل قامت بدعمهم لوجستيا من الحرس الثوري ووزارة الاستخبارات والأمن لتنفيذ الهجمات
