تحتضن مكتبة مجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف بالمدينةالمنورة كنوزا معرفية نادرة، تبرز مجموعة المخطوطات الأصلية بوصفها من أثمن مقتنياتها العلمية، حيث تُحفظ بعناية فائقة ضمن مكتبة الشؤون العلمية بالمجمع، حيث تضم المكتبة ما يقارب (54) مخطوطة أصلية محفوظة ضمن مجموعات علمية، موزعة على أكثر من 7918 ورقة، كما تشمل مجموعة نفيسة من المخطوطات المتعلقة بعلوم القرآن، تُقدّر بنحو 123 مخطوطة في مجالات التفسير والقراءات وعلومهما. وتعود فترة نسخ هذه المخطوطات إلى ما بين القرن الثامن والقرن الثالث عشر الهجري، من بينها نسخة نادرة لكتاب معالم التنزيل في التفسير للإمام البغوي، يعود تاريخ نسخها إلى عام 733ه، وتُعد من أقدم المخطوطات المحفوظة، وقد بادر المجمع بتوثيق معلومات هذه المخطوطات ضمن دليل متخصص صدر في خمسة مجلدات تحت عنوان: "فهرس مخطوطات التفسير وعلوم القرآن الكريم في مكتبات المدينةالمنورة". وتتنوع هذه المخطوطات من حيث الحجم وعدد الصفحات، إذ تبلغ أصغرها نصف ورقة فقط، كما في ثلاث مخطوطات مغربية تعود إلى القرن الثاني عشر الهجري، فيما تصل أكبرها إلى611 ورقة لمخطوطة فتح المنان المروي بمورد الضمان لابن عاشر. كما تنوعت خطوط هذه المخطوطات بين الخط المغربي، النسخي، النسخي المعتاد، النسخي الحسن، النسخي الجميل، والنسخي الجميل جدًا، مما يعكس تعدد المدارس الخطّية والثقافية في تلك الحقبة. وتأتي هذه الجهود الحثيثة من توجيهات معالي وزير الشؤون الإسلامية والدعوة والإرشاد، المشرف العام على المجمع الشيخ الدكتور عبداللطيف بن عبدالعزيز آل الشيخ في حفظ هذا الإرث العلمي و ما تحتويه المكتبة من مخطوطات وكتب قديمة.