تعيش كثير من الأحياء الدقيقة في نفس البيئة التي نعيش بها ومنها البكتيريا والفطريات والفيروسات والعتائق أو البدائيات، ويعيش بعض تلك الكائنات المجهرية داخل أحشائنا وعلى الجلد وفي الفم وفي كل مكان، وتنقسم تلك الكائنات الحية مثل البكتيريا والفطريات إلى نوعين: أحياء دقيقة ممرضة وأحياء دقيقة نافعة. في السنوات الأخيرة برز علم جديد في الطب والتغذية السريرية وهو مصطلح (ميكروبيوم) (بالإنجليزية: Microbiome ) والمقصود به المجهريات أو الأحياء الدقيقة البشرية وهي مجموعة من الميكروبات المتعايشة مع الإنسان أو الحيوان أو النبات أو حتى مع الديدان أو القواقع أو التربة وعلى أوراق الأشجار والبيوت وغيرها . ولأن مسمى الميكروبيوم صار مشهورا ومستخدما أكثر من مصطلح المجهريات البشريات التي تعطي بعض اللبس، فنستخدم اليوم مصطلح الميكروبيوم حتي يتم صدور مصطلح عربي مناسب من المجمعات اللغوية. وقد انشأ المعهد الوطني للصحة National Institutes of Health (NIH) بالولايات المتحدةالأمريكية عام 2007 مشروعا علميا بإسم (مشروع الميكروبيوم البشري Human Microbiome Project ) للتعرف على الأحياء الدقيقة التي تتعايش مع الإنسان بكل أنواعها ثم تصنيف تلك الكائنات وعزلها ودراسة تأثيرتها الإيجابية والسلبية على الإنسان واكتشف أكثر من 600 من أنواع الميكروبات لوحدها و أكثر من 1000 من الكائنات الحية الدقيقة. نتائج البحوث العالمية حول الميكروبيوم أحدثت صدمة كبيرة للمختصين بالصحة حيث وجد علاقة قوية بين تلك الكائنات وصحة الإنسان ، وكيف أن بعضها يعدج السبب الأول في المرض و أصناف أخرى بمثابة العلاج الوحيد لبعض الأمراض ومنها الإسهال المزمن و تقرح الأمعاء وبعض متلازمات الأيض وجرثومة المعدة و عدم تحمل اللاكتوز و أمراض القولون ومرض سيلياك والسمنة والسكري والأورام والحساسية والتوحد و بعض الالتهابات وبعض الأمراض النفسية وغيرها من الأمراض التي لم نكن يوما ما نعقتد أن لها تلك الصلة بالأحياء الدقيقة التي تعيش مع و داخل الإنسان.
