يثير انضمام عناصر من تنظيم "القاعدة" في بعض أحياء بغداد الى مجالس الصحوة، جدلاً واسعاً بين الأطراف السياسية، لا سيما بعد إعلان الحكومة قرارها بضم 20 في المئة من هذه العناصر الى القوات الأمنية. وعلى رغم المطالبة المستمرة لمسؤولين عراقيين بوضع قوات الصحوة تحت سيطرة الحكومة، بسبب مخاوفهم من خروج تلك القوات عن الخط المرسوم لها، وتشكيلها قوة أمنية خارج إطار القانون، تؤكد الأوساط العسكرية الاميركية في العراق وجود خطة لزيادة عديد مقاتلي العشائر ومجالس الصحوة من 70 ألف مقاتل الى 100 ألف بحجة نجاح تلك المجالس في فرض الأمن في الكثير من مناطق بغداد. ويؤكد الشيخ مشعان السعدي، أحد أعضاء"مجلس انقاذ ديالى"ان المخاوف التي يعلنها مسؤولون عراقيون في شأن مجالس الصحوة"باتت غير مبررة، والتصريحات الأخيرة التي اطلقها عبدالعزيز الحكيم داعياً إلى ضرورة وضع قوات الصحوة تحت سيطرة الحكومة، مقبولة من الناحية النظرية لكن تطبيقها يحتاج الى وقت طويل، لا سيما أن الجهات الرسمية أكدت أن الطاقة الاستيعابية للقوات الأمنية لا تسمح بضم جميع القوات". وعن مسألة اختراق عناصر من تنظيم"القاعدة"مجالس الصحوة، قال أبو ياسين الجبوري، أحد أعضاء"مجلس صحوة الدورة"إن هناك عناصر كانت تعمل ضمن الفصائل المسلحة العراقية"انضمت الى مجالس الصحوة وعناصر اخرى تبرأت من تنظيم القاعدة بعدما اكتشفت نياتها في ضرب وحدة الشعب العراقي وقتل الأبرياء، وهؤلاء يقاتلون جنباً الى جنب ضد جيوب القاعدة المتبقية في بغداد". وأكد أن"توبة هذه العناصر وعودتها الى العمل لصالح القضية الوطنية يستوجب حداً أقصى من التعاون والتشجيع وليس العكس". واعتبر وجود عناصر كانت تعمل مع تنظيم"القاعدة"في مجالس الصحوة"أمراً ايجابياً يكشف وعي تلك العناصر وادراكها الخطر الذي باتت تشكله القاعدة". ويرى اللواء مهدي صبيح، قائد قوات حفظ الأمن والنظام في وزارة الداخلية أن وجود عناصر من تنظيم"القاعدة"في مجالس الصحوة"يشكل خرقاً واضحاً لتلك المجالس التي تتعاون مع القوات الأمنية في حماية مناطقها". وقال إن على مجالس الصحوة"معالجة الخروقات وعدم السماح بدخول تلك العناصر الى المجالس إلا بعد التأكد من ولائها".