في اليوم الثاني لزيارته اسرائيل والأراضي الفلسطينية المحتلة، قام البابا بنديكتوس السادس عشر بزيارة تاريخية لمسجد قبة الصخرة برفقة وفد من الشخصيات المقدسية برئاسة المفتي العام للقدس والديار المحتلة الشيخ محمد حسين المفتي، أطلعه خلالها على تفاصيل «خطط تهويد» المدينة مثل طرد السكان وتغيير المعالم العربية ونفي الهوية الإسلامية - المسيحية و«انتهاك مقدسات» هاتين الديانتين، وفقاً لحاتم عبد القادر مستشار رئيس الوزراء لشؤون القدس. تزامن ذلك مع انتقادات يهودية للبابا ركزت على ماضيه في ألمانيا وعلى تفويته «فرصة تاريخية» للاعتذار لدى زيارته النصب التذكاري لضحايا المحرقة النازية (ياد فاشيم). وكان رؤوبين ريبلين رئيس الكنيست، وهو أهم ثالث منصب في الدولة العبرية، أبرز المنتقدين للبابا. وصرح للإذاعة العامة بأن «البابا تحدث وكأنه مؤرخ... تحدث عن أمور ما كان يجب أن تقع، لكنه كان جزءاً منها». وأضاف: «مع كل الاحترام الواجب للكرسي الرسولي، لا يمكن أن نتجاهل الحمل الذي يأتي به كألماني انضم الى جيش هتلر الذي كان أحد الأدوات في تلك الابادة». ورد الناطق باسم الفاتيكان الاب فيديريكو لومباردي على هذه الانتقادات الاسرائيلية بالقول: «أرغب في توضيح الأكاذيب التي أوردتها الصحافة الاسرائيلية والعالمية. البابا لم يكن أبداً في هذه المنظمة. لم يكن أبداً عضواً في هذه الحركة الشبابية المرتبطة عقائدياً بالنازية». ويتعارض ذلك مع ما صرح به البابا في عدد من المقابلات، إذ أكد أنه كان عضواً متطوعاً في الشبيبة الهتلرية خلال الحرب العالمية الثانية. واستهل البابا يومه الثاني في القدسالمحتلة بزيارة لمسجد قبة الصخرة في باحة المسجد الاقصى، أولى القبلتين وثالث الحرمين الشريفين، ليكون أول بابا يدخل أحد أهم الأماكن الدينية للمسلمين. وتجول البابا في باحات الحرم قبل أن ينتقل إلى مبنى القبة النحوية حيث استقبله وفد كبير من شخصيات دينية وسياسية رفيعة المستوى برئاسة مفتي القدس والديار الفلسطينية الشيخ محمد حسن ومسؤولي الاوقاف الاسلامية في القدس. ومن المقرر أن يصل البابا الى مدينة بيت لحم صباح اليوم ليلتقي الرئيس محمود عباس ثم يتوجه الى كنيسة المهد لترؤس قداس. ويزور مستشفى «كاريتاس» في المدينة ثم يتوجه الى مخيم عيادة حيث سيلتقي عدداً من اللاجئين. وأحيا البابا بعد ظهر أمس قداساً ضخماً في وادي قدرون عند سفوح جبل الزيتون، والذي يشير تقليد مسيحي الى أنه مكان الحساب في يوم القيامة. وبارك البابا الذي وصل الى الموقع بسيارته المصفحة «بابا موبيل»، وبمواكبة حراس مسلحين، جموع المسيحيين الذين وفدوا للمشاركة في الحدث ولوحوا بأعلام دول ولا سيما المكسيك والفيليبين وكولومبيا واسرائيل وبولندا.
