انتقد عدد من المصلين ما اعتبروه تدني مستوى النظافة في عدد من المساجد، خصوصا القريبة من التجمعات العمالية والأسواق ولا سيما المتعلقة بالسمك والماشية، مطالبين بتشديد الرقابة على الشركات المختصة بنظافة وصيانة بيوت الله، إضافة إلى تكثيف التوعية بين الناس، حول أهمية أن تكون المساجد في أفضل وضع. واستاء محمد علي مما اعتبره تدني مستوى النظافة في عدد من المساجد، مشددا على أهمية أن تتمتع بيوت الله بالنظافة، بدلا من أن تنبعث منها روائح مؤذية. ورأى أن غالبية المساجد التي تقع قرب التجمعات الصناعية التي تحوي الورش تعاني من تدني مستوى النظافة، مطالبا الجهات المختصة بتدارك الأمر والتحرك لاتخاذ اللازم حيالها. وقال: «كما أن المساجد التي تقع قرب سوقي السمك والماشية تعاني كذلك من قصور في النظافة وانبعاث روائح ليست طيبة»، متمنيا الاهتمام بها. وأبدى بدر المسعود استياءه من تناثر الأحذية على بوابات بعض المساجد لافتقادها أماكن مخصصة لها، مبينا أن الأحذية تعيق دخول المصلين للمسجد وتنشر الحشرات والروائح الكريهة في المكان. وشدد على أهمية دور الجهات المختصة في توعية المصلين بأهمية نظافة بيوت الله من طريق أئمة المساجد والمكتب الإعلامي لوزارة الشؤون الإسلامية الأوقاف والدعوة والإرشاد بوضع إعلانات لتوعية المصلين على الاستخدام الأمثل لدورات المياه والمحافظة عليها ووضع أحذيتهم في الأماكن المخصصة. وقال المسعود: «على الرغم من الجهود التي تبذلها وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد من أجل الحفاظ على نظافة بيوت الله إلا أن إهمال بعض المصلين وسلوكياتهم التي تتنافى مع تعاليم الإسلام هي التي تؤدي إلى انتشار مثل هذه الروائح». إلى ذلك، أشاد سالم أسعد صابر بالجهود التي يبذلها العمال القائمون بالنظافة في المسجد، مشيرا إلى أنهم يفتحون المسجد قبل الصلاة بفترة كافية مع تشغيل أجهزة التكييف لتغيير الرائحة وتهوية المسجد، «لكن المشكلة بالأساس خارجة عن سيطرتهم لأنها تتعلق بسلوكيات بعض المصلين والتي تحتاج إلى توعية بشكل مستمر». ورأى أن هذا الأمر ليس بالصعب لأن الدين الإسلامي الحنيف يحث المسلمين على النظافة يقول تعالى (يا بني آدم خذوا زينتكم عند كل مسجد)، عازيا تدني مستوى النظافة في دورات مياه المساجد إلى شركات النظافة المسؤولة عن تقديم العمال والأدوات المستخدمة في نظافة دورات المياه من مواد كيميائية ومطهرات وأيضا نظافة أرضيات المساجد من سجاد ورش العطور عليها لإزالة الروائح التي قد تنتج عن كثرة مرور المصلين على مفروشات المسجد. وطالب بأن تكون نظافة المساجد ضمن أولوياتنا لتحويلها إلى بيئة صحية ومثالية وتبرز المظهر اللائق لدور العبادة خصوصا أن ديننا الإسلامي الحنيف يحثنا على الاهتمام بالنظافة وجعلها شطر الإيمان. وبين أحمد محمد أنه يجب على الوزارة والأئمة توعية المصلين بضرورة الحفاظ على المساجد وعدم استعمال دورات المياه بشكل سلبي يسيء إلى دور العبادة، موضحا أنه يجب علينا أن ندرك بأن نظافة المسجد لا تقتصر على شخص معين بل هي مسؤولية كل مسلم، منتقدا بعض المصلين الذين يكتبون بعض العبارات داخل دورات المياه وعلى حوائط المسجد بطريقة غير حضارية. وأكد عبدالله السمكري أنه يجب ألا يدخل أي مسلم بيوت الله إلا ورائحته طيبة، حتى لا يؤذي الملائكة والمصلين، لافتا إلى أنه عانى شخصيا في بعض المواقف التي دخل فيها مصليات صغيرة أو مساجد قريبة من مواقع عمالية، مشيرا إلى أنه لاحظ وجود روائح غير مرغوبة.
