مع تأسيسه عام 2004 برئاسة الإخواني المصري، المدرج على قوائم الإرهاب، يوسف القرضاوي، بتمويل ودعم قطري، أخذ «الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين»، المدرج ضمن قوائم الإرهاب في الدول الأربع (السعودية، الإمارات، مصر، والبحرين)، على عاتقه مأسسة أدبيات العنف والتطرف وفتاوى الإرهاب، عبر فريق «إخواني» متعدد الجنسيات، وأضحى ورقة دينية لضرب خصوم النظام القطري منذ يومه الأول. وبدأت فتاواه المحرضة على العنف وخطاب الكراهية تصدر من الدوحة (مقر الاتحاد)، ولم تتوقف حينها بيانات تشجيع الأعمال الإرهابية كإباحة القرضاوي للعلميات الانتحارية، إضافة إلى تأييد العمليات الإرهابية التي كانت نشطة في العراق، تزامناً مع دوي وحشية أبو مصعب الزرقاوي والقاعدة في الأرجاء، ويصر مراقبون على ربط صعود تنظيم القاعدة في العراق مع نشأة «اتحاد القرضاوي»؛ إذ عمد الأخير على إعطاء الأول شرعية عبر فتاوى «معلبة». وظل عدد من أعضاء الاتحاد خارج الصورة ومهمشين، ما دفع نائب رئيس الاتحاد السابق الشيخ عبدالله بن بيه لتقديم استقالته في سبتمبر 2013، فيما عزت مصادر مقربة من ابن بيه حينها استقالته إلى «أخونة» الاتحاد، وتعذر «الإصلاح»، وكشفت العضو السابق في الاتحاد سهيلة زين العابدين، خلال مراجعاتها التي نشرتها «عكاظ» في نوفمبر 2017، عدم أخذ آراء كثير من الأعضاء حيال البيانات الصادرة عن «اتحاد القرضاوي»، واصفة البيانات ب«الإخوانية». وجن جنون الاتحاد عقب ثورة الشعب المصري على نظام الإخوان المسلمين في يوليو 2013، وخصص اتحاد القرضاوي بياناته ورسائله لتكثيف التحريض على الشعب المصري وبث الفرقة، بعد أن أدرك القرضاوي وفريقه اندحار نفوذهم في القاهرة، بعد أيام قليلة من دعوة «الاتحاد المشبوه» للانضمام للجماعات المتطرفة في سورية بدعوى «الجهاد». وتوجهت فوهة الخطابات التحريضية ل«اتحاد القرضاوي» صوب الدول الأربع الداعية لمكافحة الإرهاب بعد أن قطعت علاقتها الدبلوماسية مع قطر، ولم يتورع «الاتحاد الإرهابي» الذي يضم إرهابيين مطلوبين في قوائم إرهاب دول عدة عن استخدام كل أدوات التحريض والتزييف وتسييس الفتاوى لمصلحة النظام القطري، حتى إنه اعتبر مقاطعة قطر وإدراج الاتحاد المشبوه في قوائم الإرهاب بالدول الأربع «حرباً على الإسلام». وأدرجت الدول الأربع الداعية لمكافحة الإرهاب «اتحاد القرضاوي» وعدداً من قيادييه على قوائم الإرهاب، كما حذرت الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء منه، كونه لا يمت للعلم والعلماء بصلة، وينطلق من أفكار حزبية ضيقة، مقدماً مصلحة حركته على مصلحة الإسلام والمسلمين، لافتة إلى دور «الاتحاد المشبوه» في إثارة الفتن في دول إسلامية وعربية.
