أشار مراقبون يمنيون إلى تبني قطر للمشروع الحوثي منذ يومه الأول، إذ يعود ارتباط الدوحة بميليشيات الحوثي إلى مطلع 2000، إذ جرت اتصالات قديمة بين الديوان الأميري والمخابرات القطرية بمؤسس المليشيات الطائفية حسين بدر الدين قبل مقتله عام 2004. وعزا الباحث اليمني محمد الولص بحيبح، العلاقة المبكرة بين قطر والحوثيين إلى محاولة القطريين الإضرار بالسعودية، في وقت كانت العلاقات الدبلوماسية بدأت تسوء بين البلدين. وبدأت الدوحة باستخدام ورقة "الدعم المالي" للحوثيين عبر سفارتها في صنعاء، ودعم الميليشيات بمبلغ مقطوع شهرياً لأنشطة معهد ديني طائفي يتبع للحوثيين في صعدة، وارتفع الدعم القطري للمعهد الطائفي في عام 2003، في وقت كان القيادي الحوثي يحيى قاسم عواضة يتسلم تلك الحوالات. وظهر التحالف القطري الحوثي جلياً في الحرب الرابعة، إذ سعت الدوحة لتدويل القضية، وحاولت لعب دور إقليمي في المنطقة عبر قيادتها لوساطات رسمية بين المتمردين والحكومة اليمنية، واستطاعت أن تساهم في تحويل الحوثيين من ميليشيات مسلحة إلى كيان سياسي له علاقات دولية، في محاولة لإسقاط تجربة حزب الله اللبناني في اليمن وبدعم إيراني. واتهم بحيبح الدوحة باستغلال ملف إعمار صعدة في دعم الحوثيين بمبالغ كبيرة تجاوزت مئات الملايين، ما مكن الحوثي من تعزيز قواته الميدانية، وشراء سياسيين في المشهد اليمني. وأشار إلى أن قطر قدمت أكثر 100 جهاز اتصال دولي (ثريا) لدعم قيادات حركة الحوثي في التواصل مع حلفائهم الممثلين في طهران وميليشياتها في الضاحية الجنوبية بلبنان، موضحاً أن أجهزة الاتصالات جاءت من سيف البوعينين رئيس اللجنة القطرية في الوساطة آنذاك. واتهم قطر بتسهيل نقل القيادي الحوثي يحيى بدر الدين من صنعاء إلى ألمانيا للجوء سياسياً في نهاية 2007، ووفرت له الدوحة كامل الدعم المالي والإعلامي والسياسي من سفارتها في برلين، وأطل لمهاجمة السعودية عبر ذراع الدوحة الإعلامية (قناة الجزيرة). وأكد وجود تنسيق إيراني قطري أفضى بتوجيه الحوثيين عبر القيادي يوسف الفيشي الذي يوصف بمهندس الاتفاق بين الحوثيين وحزب المخلوع، لمهاجمة الحدود السعودية، مستشهداً بسفر الفيشي إلى الدوحة مرتين في ذلك العام.
