دخول أرسطو والعِلْم العَربي أثار اهتزازًا داخل ساحة المسيحية الأوروبية، وأدى إلى اختلال توازن الفكر فيها.. فقبله كانت الأمور محسومة.. كانت المسلمات اللاهوتية للعقيدة المسيحية مسيطرة سيطرة تامة كاملة.. الآن دخل منافس جديد للساحة، فلسفة أرسطو، فما العمل؟! من يستحق أن يتبع، هذا أم ذاك؟! أحس فقهاء المسيحية وكذلك السلطات السياسية بخطورة الوضع، فقد رأوا في الفلسفة اليونانية تحديدًا لسلطة الإيمان أو تهديدًا لمواقعهم الراسخة. أصبح العقل يتجرأ على أن يطلب من الإيمان براهين على صحة مقولاته وعقائده. قبل هجمة الفلسفة الأرسطوطاليسية على المسيحية الأوروبية في القرون الوسطى كانت عقيدة القديس أوغسطينوس هي المسيطرة على المسيحية، وكانت تتموضع داخل خط التراث الأفلاطوني ولا علاقة لها بأرسطو. المسيحية تستطيع أن تتصالح بسهولة مع مثالية أفلاطون، ولكن ليس مع واقع أرسطو أو علميته البحتة. القديس أوغسطينوس كان أول من صالح العلم والإيمان وهو الذي قال العبارة الشهيرة «ينبغي أن تفهم لكي تؤمن»، وبالتالي لم يكن من دعاة الإيمان الأعمى أو الظلامي، وكان يقول بأن العلم ضروري لفهم الكتابات المقدسة وكل شيء يخضع للإيمان بما في ذلك العقل والطبيعة ذاتها، فالإيمان يغمر كل شيء ويغطي كل شيء ولا يوجد أي فصل بين مجال الفلسفة ومجال اللاهوت. الفلسفة ليست إلا خادمة ذليلة لعلم اللاهوت المسيحي، إذا كانت عقيدة القديس أوغسطينوس قادرة على الهيمنة الكلية طيلة العصور الوسطى الأولى فإنها لم تعد قادرة بعدئذ حيث طرأت متغيرات ومعطيات جديدة، انقسم فقهاء المسيحية إلى قسمين: قسم معجب بفلسفة أرسطو ومستعد لتبنيها كليًا حتى إذا أدى ذلك إلى طمس التراث المسيحي، وقسم آخر متمسك بالتراث المسيحي. القديس توما الاكويني وجد نفسه في مواجهة هذا الانقسام الروحي الخطير، ورأى النفوس متزعزعة ومنشقة. وتكمن عبقريته في إيجاد حل لهذا الانقسام، وقدم توليفة ذات أهمية تاريخية بين فلسفة أرسطو والتراث المسيحي(كتاب مدخل التنوير الأوروبي لهاشم صالح). وهنا أوضح الخلاف بين فلسفة أرسطو والعقيدة المسيحية؛ أرسطو كان يقول بأن العالم أزلي قديم، في حين أن المسيحية كانت تقول بأنه مخلوق أي مستحدث وليس أزليًا، أرسطو لم يكن يعتقد بوجود روح بلا جسد، بمعنى أن النفس تموت مع الجسد، في حين أن المسيحية كانت تقول بخلود النفس بعد موت الأجساد. وكان أفلاطون أستاذ أرسطو يقول بخلود النفس أيضًا بعد الموت، ويعتبر ذلك أملًا جميلًا يخفف من رعب الموت. القديس توما الاكويني حاول تجاوز هذه الصعوبات عن طريق القول بوجود مجالين متمايزين تمامًا للمعرفة: مجال خاص بالفلسفة، ومجال خاص بعلم اللاهوت والدين، وهناك حقائق للعقل وحقائق للإيمان، ولا ينبغي الخلط بينهما، وهكذا قدم للفلسفة استقلاليتها الذاتية، وقد اقتنع بقوله أو توليفته الكثيرين وظل مقنعًا حتى مشارف العصور الحديثة، الاتجاه الأصولي في الكنيسة المسيحية ظل يرفضه حتى عام 1563، الفلاسفة كانوا يريدون إدخال نوع من العقلنة إلى ساحة الإيمان والأصوليون يرفضون ذلك، وظلت المعارك بين كبار المفكرين الأوروبيين وبين زعماء الأصولية المسيحية.
