وفي شأن الإصلاح الإداري للوقف الإسلامي أوصى المؤتمر بوضع نماذج إرشادية موحدة لحجج الوقف وضبطها بضوابط مانعة من الاستيلاء على أعيانه أو على غلاته من أي جهة كانت وسد كل الذرائع أمام استبدال أعيان الوقف لغير مصلحة جلية ظاهرة، وكذلك سد كل الذرائع أمام الاستيلاء على أعيان الوقف أو غلاته بقوة السلطان أو بتحايل النظّار بتقرير الجزاء المدني والجنائي الرادع لتزوير الوثائق المسهلة للاستيلاء على الوقف أو منافعه مع تتبع الأعيان المستولى عليها بوثائق مزورة واستردادها عند اكتشاف التزوير. كما دعا المؤتمر في ذات الصدد إلى سد كل الذرائع أمام عمليات تخريب الوقف أو تعطيل منافعه لأغراض الاندثار القسري له أو استبداله أو الاستيلاء عليه وذلك بتحديد الجهات المسؤولة عن ضبط المعتدين على الوقف وتقديمهم للمحاكمة وإنشاء شرطة مختصة بحماية الأوقاف ومنع التعدي عليها، وإنشاء محاكم مختصة بنظر قضايا الأوقاف، وحث على الإسراع في تنفيذ عمليات إعادة التوثيق الإلكتروني لحجج الوقف التي تداهمها مخاطر التلف بسبب تقادم الزمن عليها واعتماد أسلوب إداري حديث لعمل الناظر يقوم على أسس المرونة والشفافية والمحاسبة الدورية والمساءلة الجزائية والربط بين أجره وبين إنتاجية أعيان الوقف والأخذ بمبدأ الخدمة المؤقتة للناظر بمعنى منع توريث النظارة لذرية الناظر كما أكد المؤتمر على ما أوصى به مؤتمر وزراء الأوقاف المنعقد بمدينة جدة من إنشاء مركز إسلامي لتوثيق وشهر الأوقاف الجديدة على مستوى العالم الإسلام وحول أوقاف الحرمين الشريفين المنتشرة في كافة أنحاء العالم الإسلامي أوصى المؤتمر بتكاتف المنظمات الدولية الإسلامية والتنسيق بينها لتبنّي استرداد ما يمكن استرداده منها والعمل على حصرها في سجلات نهائية والحصول على الوثائق والحجج المثبتة لها والمطالبة بغلاتها طبقاً لشروط الواقفين باعتبار هذا العمل عملاً شرعيًّا في ذاته وفي شأن الإصلاح التنظيمي والتشريعي للوقف الإسلامي أوصى المؤتمر بدعوة المنظمات الدولية الإسلامية إلى وضع (صياغة) نظام أو قانون نموذجي أو استرشادي للوقف الإسلامي تصادق عليه جميع الأقطار الإسلامية كمعاهدة دولية متعددة الأطراف وتلتزم بأحكامه حال وضعها أو تعديلها لأنظمتها الوقفية الوطنية، وتقنين الضوابط المنظمة لولاية الدولة على الأوقاف.
