حذرت أطراف دينية وعشائرية في سامراء من تنفيذ جهات حكومية خططاً لهدم الجامع الكبير والمدرسة الدينية وسط المدينة في سياق إعادة إعمار مرقدي الإمامين العسكريين. وحذرت"هيئة علماء المسلمين"في بيان لها من خطط حكومية ل"تدمير وهدم الجامع الكبير والمدرسة الدينية في سامراء بذريعة اعادة الاعمار"، واتهمت الجهات ذاتها التي وقفت خلف تفجير المرقدين العسكريين، بالوقوف وراء هذه الخطط، معتبرة إياه"استفزازاً لمشاعر المسلمين وخصوصاً أبناء سامراء". واعتبر الشيخ خالد الجنابي أحد شيوخ عشيرة الجنابيين في سامراء الخطة عملاً تخريبياً"تسعى الجهات التي تروم تنفيذه، إلى إثارة فتنة طائفية كبيرة لن تخمد نارها كون الجامع الكبير والمدرسة الدينية من المراكز الدينية والأثرية الخالدة في سامراء"، داعياً السلطة الإدارية في محافظة صلاح الدين إلى"الوقوف بحزم ومنع وقوع هذه الجريمة في حق آثار العراق ومقدساته الدينية". وأكد مصدر رسمي في سامراء رفض نشر اسمه"أن خلافات كبيرة نشبت بين الوقف السني الذي يشرف على الجامع الكبير في المدينة، وبين الوقف الشيعي الذي يشرف إداريا وفنياً على مرقدي العسكريين بعد تفجيرهما في شباط فبراير عام 2006، نتيجة نية الأخير ضم مساحات واسعة من الجامع الكبير الملاصق لمرقد العسكريين لتوسيع ساحته، الأمر الذي يثير حفيظة الوقف السني وهيئة علماء المسلمين في المدينة، إذ يعتبرانه عملاً تخريبياً للحكومة". يذكر أن عدداً من شيوخ العشائر في سامراء طالبوا بالتريث في حملة إعادة الإعمار خوفاً من استغلال الحملة لإثارة فتنة طائفية في المدينة، وخصوصاً أن الوضع الأمني فيها يزداد توتراً منذ تفجير المرقدين وبعد مطالبة الوقف الشيعي بضم المرقدين إليه من ناحية الإشراف الإداري والفني. وتشير المصادر التاريخية في سامراء إلى أن الجامع الكبير الذي يجاور المرقدين العسكريين، يعد أقدم وأكبر جامع في سامراء، وتوقفت الصلاة فيه بعد تفجير مرقد الامامين العسكريين، إذ يقع في منطقة سيطرة القوات الأميركية والعراقية.
