يعتبر غوانتانامو من مراكز الاعتقال العديدة في الحرب على الإرهاب. وبعض مراكز الاعتقال هذه معروف، على غرار سجن أبو غريب السيّء السمعة في العراق، في حين أن البعض الآخر منها يسمى ب «البقع السوداء» لوكالة الاستخبارات المركزية (سي أي أيه) ويدار بشكل سرّي. واعترفت الولاياتالمتحدة باحتجازها حالياً 26 ألف شخص في سجونٍ سرية وأنه دخل ما يقارب 80 ألف شخص في نظام الاعتقال منذ 2001. أفغانستان أطلق على أكبر سجون ال «سي أي أيه» في أفغانستان الإسم السّري «سولت بيت». وتشير التقارير إلى أنه في 2002 توفي أحد المعتقلين نتيجة التجمّد من البرد بعد أن جُرِّدَ من ثيابه وتُرِكَ مقيّداً بالسلاسل على أرضٍ من الأسمنت طوال اللّيل. ونظراً إلى المخاوف الأمنية المتعلقة بتنقل الجنود على الطريق المؤدية إلى السجن، نقل السجن إلى قاعدة باغرام الجوية الواقعة على بعد 43 كلم تقريباً شمالي كابول. وبعد أن تدفق المشتبه بهم بأعمال إرهابية إلى معتقل غوانتانامو تدقفاً ملحوظاً عام 2004، أرسل عددٌ متزايدٌ منهم إلى باغرام حتى اكتظ المعتقل. ويجري حالياً بناء مركز اعتقالٍ جديدٍ. العراق عام 2004، بث برنامج «ستون دقيقة» على محطة «سي بي أس» صورا الْتُقِطَتْ في سجن «أبو غريْب» يظهر فيها حراس سجنٍ بالقرب من سجناء أجبروا على اتخاذ وضعيات مهينةٍ. ووصف تقريرٌ وضعه الجنرال أنتونيو تاغوبا نماذج عديدة عن الانتهاك الجنائي الذي أصاب المعتقلين في سجن أبو غريْب بين تشرين الأول (أكتوبر) وكانون الأول (ديسمبر) عام 2003. وعام 2006، سلّمت زمام الأمور في سجن أبو غريب إلى الحكومة العراقية قبل إغلاقه.وكان مركز الاعتقال الأول في العراق في سجن «بوكا». ويضمّ مركز الاعتقال الكبير هذا والواقع على الحدود العراقية - الكويتية أكثر من 15 ألف معتقل عراقي و8 آلاف سجّان. وإذا صدقت المعلومات بإغلاق معتقل بوكا منتصف 2009، سينقل المعتقلون إلى معتقل «كروبر» في القاعدة الجوية بالقرب من بغداد. «البقع السود» أدارت وكالة الاستخبارات المركزية بين عامي 2001 و2006 شبكةً من المعتقلات السرية تُعرف باسم «المواقع السود». وتمّ اختيار هذه المواقع خارج الأراضي الأميركيّة لأنه من غير الشرعي احتجاز السجناء سرياً في اميركا. ورفضت ال «سي أي ايه» إعطاء تفاصيل عن هذه المواقع، لكنّه حكي كثيراً عن مواقع في تايلاند وأفغانستان وعدد من الدول الأوروبية والعربية، إضافةً إلى منشأة خاصة داخل غوانتانامو. وفي 6 أيلول (سبتمبر) 2006، اعترف بوش بأنّ ال «سي اي ايه» احتجزت عدداً من المعتقلين سرياً من دون أي تهم سنوات عدّة، وبأن المعتقلين خضعوا لإجراءات «بديلة» وصارمة خلال التحقيقات. كذلك، قال ابوش إنّه طلب إخلاء هذه المواقع ونقل المعتقلين إلى مكان آخر. وخلال عام 2006، نقل الجيش الأميركي 14 سجيناً «عالي القيمة» يُشتبه بتورطهم في أعمال إرهابية من مواقع سرية إلى السجن الرئيسي في خليج غوانتانامو. وشملت هذه المجموعة خالد شيخ محمد المُشتبه بكونه العقل المدبر لهجمات الحادي عشر من أيلول (سبتمبر)، وأبو زبيدة، أحد كبار المعاونين في تنظيم «القاعدة»، إضافةً إلى متطرف إندونيسي معروف باسم «الحنبلي»، يُشتبه بتورطه في تفجيرات بالي والفيليبين. الترحيل الاستثنائي هو نقل أشخاص يُشتبه بتورطهم في أعمال إرهابية إلى بلاد تجيز التعذيب ووسائل التحقيق المحظورة في أميركا. ويُقال إنّه تمّ نقل معتقلين إلى عدد من البلدان كسوريا والأردن والمغرب ومصر. وأفادت منظمة «ريبريف» المعنية بحقوق الإنسان بأنّه سُجّل أكثر من 200 حالة ترحيل جديدة منذ عام 2006. السجون العائمة يُزعم أنّ أميركا تحتجز عدداً من المعتقلين داخل «سجون عائمة» في 17 سفينة منذ 2001. وقالت منظمة «ريبريف» إنّ المعتقلين يخضعون للتحقيق على متن هذه السفن قبل نقلهم إلى مواقع سرية.
