اعتمد تنظيم المؤسسة العامة للحبوب تهيئة نشاطي الصوامع ومطاحن إنتاج الدقيق ليكونا عنصري جذب للمستثمرين، مع وضع سياسات وخطط وبرامج لتطوير نشاطهما، تزامنا مع مراقبة المؤسسة قواعد المنافسة في مجالس تقديم الخدمات للنشاطين، مع شراء القمح وبيعه بأسس تجارية تأخذ في الاعتبار إدارة الأخطار والتحوط. فيما ستلتزم المؤسسة بتجميع مخزون احتياطي من القمح يكفي لاحتياجات السعودية، واستكمال رصيد المخزون دوريا، مع اتخاذ ما يلزم لوصول القمح المستورد من مصدره إلى صوامع المؤسسة داخل المملكة، وتوفير كميات القمح اللازمة للتشغيل الكامل لشركات المطاحن بما يحقق توافق معدلات العرض والطلب. وشمل التنظيم اقتراح المؤسسة السياسة التسعيرية لمنتجات نشاط المطاحن لإنتاج الدقيق بما يحقق توافق معدلات العرض والطلب، مع توفير كميات القمح اللازمة للتشغيل الكامل لشركات المطاحن لإنتاج الدقيق وفق السياسة التسعيرية التي تقترحها المؤسسة كمنظم لنشاط الصوامع ونشاط المطاحن لإنتاج الدقيق بما يتوافق وسياسات الدعم الحكومي للسوق. كما سيحق للمؤسسة إنشاء صوامع والاحتفاظ بملكيتها أو الترخيص للغير بإنشائها أو الدخول معه في شراكات على أسس تجارية، مع السماح للمؤسسة بالاستعانة بالجهات المتخصصة والمؤسسات العلمية، الفنية، المستشارين المؤهلين للاستفادة من خبراتهم في التطوير والدراسات الإستراتيجية وإدارة نشاط الصوامع. في حين اعتبر التنظيم وزير البيئة والمياه والزراعة رئيسا لمجلس إدارة المؤسسة، مع اعتبار محافظ المؤسسة عضوا ونائبا للرئيس، إضافة لتعيين ممثلين لوزارات «التجارة والاستثمار، البيئة والمياه والزراعة، الاقتصاد والتخطيط»، وتعيين اثنين من القطاع الخاص من ذوي الخبرة والاختصاص يعينان بقرار من مجلس الوزراء بناء على ترشيح الوزير.
