انتقد باحثون مشاركون في المؤتمر الجامعة الإسلامية طريقتها التي ابتكرتها في إلقاء البحوث. وتتخلص الطريقة الجديدة في أن يجلس الباحث في منصة الجلسة، ثم يتولى آخرون اختارتهم الجامعة لقراءة الأبحاث نيابة عن المشاركين. وعلل مدير الجامعة الإسلامية الدكتور محمد علي العقلا الخطوة لحفظ زمن الجلسة. وخصصت الجامعة الإسلامية 90 دقيقة لكل جلسة، وتقرأ فيها ما لا يقل عن ملخصات عشرة أبحاث. ويعلق وكيل الجامعة للدراسات العليا الدكتور عيد بن سفر الحجيلي على تلك الاعتراضات بقوله: «إن الجامعة لم تقدم على هذا النهج إلا بعد دراسة ونظر، وهي تلبي رغبة جميع المشاركين في تقديم اختصارات بحوثهم، التي فاقت المائة». وفي الوقت الذي لقيت الطريقة الجديدة انتقادا من باحثين، إلا أن آخرين أيدوها حفاظا على زمن الجلسات، وترك أكبر مساحة ممكنة من الوقت للمداخلات. ومن ضمن المعترضين على الطريقة الجديدة الأمين العام للندوة العالمية للشباب صالح الوهيبي، والباحث عبدالله الشمري. واقترح الوهيبي أن يتولى الباحث قراءة ما كتبه أثناء الجلسة لأنه أعرف بما كتب، وحفظا لحقوقه في سرد بنود ومحاور البحث بالطريقة التي يراها. أما الأسمري فقال مهاجما: «أصبحنا ديكورات، وشعرت أنني معاق، لأنه يقرأ عني وأنا سليم»، مؤكدا أن الباحث قد يكون لديه خبرات علمية وشخصية وسياسية تضيف على ما كتبه في البحث.