أعلن برنامج جدة التاريخية نتائج التنقيبات الأثرية في مسجد عثمان بن عفان -رضي الله عنه- ضمن نتائج المرحلة الأولى لمشروع الآثار في جدة التاريخية، إذ أسفرت الدراسات الأثرية عن معرفة الأنماط المعمارية التاريخية للمسجد، وكشف المئات من بقايا المواد الأثرية التي يعود تاريخ بعضها إلى نحو 1200 عام. وكشفت الدراسات الأثرية عن عمليات الترميم التي تعاقبت على المسجد خلال تاريخه الطويل، إذ تنتمي جميع مراحل البناء السابقة للمسجد إلى نمط العمارة التقليدية المعروفة في جدة -آنذاك- التي تتمثل في فناء مفتوح ومصلّى مسقوف، فيما استثنيت آخر مرحلة من البناء التي تمثلت في شكله الحالي الذي أقيم بناؤه تقريباً في القرن 14 الهجري (أواخر القرن 20 الميلادي)، بينما استمر المحراب ومساحة المسجد كما هما لنحو أكثر من 1000 عام. وأكدت الدراسات أن أغلب عمليات الترميم والتجديد في المسجد قد أجريت على ارتفاع الأرضية وأنماطها، التي تنوعت بين البلاط الطيني والبلاستر والبلاط التقليدي، بينما استمر استخدام البلاط لمدة 400 عام، إذ تشير الدراسات إلى أنه منذ نهاية العصر المملوكي (القرن 15-16 ميلادي) رفع البناؤون الأرضية في كل مرحلة من مراحل الترميم، وأعادوا استخدام البلاط ذاته امتداداً إلى القرن ال14 الهجري (أوائل القرن 20 الميلادي). وتشير الدراسات إلى أن بناء خزان المياه الأرضي أسفل المسجد يعد من أهم التغييرات التي حدثت في المسجد، إذ وجد علماء الآثار خزانات أرضية مليئة بالمياه النقية تركها القائمون على بنائها منذ نحو 800 عام، كما تشير المعلومات إلى أن بناء الخزانات الأرضية (الصهاريج) كانت من الأمور الشائعة في جدة التاريخية نظراً لقلة إمدادات المياه في المدينة. وتختزل آلاف المواد الأثرية المكتشفة في مسجد عثمان بن عفان 1200 عام من تاريخه، إذ عثر على بقايا من الخزف الصيني باللونين الأبيض والأزرق يعود تاريخها إلى القرن ال11 الهجري (القرن 17 الميلادي)، إضافة إلى أواني «سيلادون» الصينية المزججة بالرمادي والأخضر يعود تاريخها إلى القرن الرابع والسادس الهجري (القرن 11 و13 الميلادي)، وشظايا فخار مزججة بالأبيض والأخضر والأصفر يعود تاريخها إلى القرن الثالث والرابع الهجري (القرن التاسع والعاشر الميلادي)، إذ تُعد من أقدم القطع الأثرية المكتشفة في المسجد، بحسب تقدير الخبراء. يذكر أن المكتشفات الأثرية في مسجد عثمان بن عفان -رضي الله عنه- تأتي ضمن مجموعة من الاكتشافات الأثرية التي أعلنها برنامج جدة التاريخية ضمن نتائج المرحلة الأولى من مشروع الآثار، التي أسفرت عن اكتشاف 25 ألفاً من بقايا مواد أثرية في 4 مواقع أثرية بجدة التاريخية، إذ تمثل نقلة نوعية في فهم التعاقب الحضاري للمدينة وإبراز المواقع الأثرية ذات الدلالات التاريخية والعناية بها وتعزيز مكانتها التاريخية.