كشف نظام الزراعة الجديد عن مخالفات يعاقب مرتكبوها بغرامة تصل إلى 15 مليون ريال والسجن مدة لا تزيد على 5 سنوات، وإيقاف الترخيص وإغلاق المنشأة. وتضمن النظام الجديد غرامة لا تزيد على 10 ملايين ريال، بحق كل من يصنع مبيداً محظوراً أو مغشوشاً أو يمارس إيذاء ضد أي نوع من أنواع الثروة الحيوانية أو استيراد ثروات زراعية محظورة دون موافقة الوزارة أو إعاقة عمل المفتشين، وحظر تداول أي من منتجات القطاع الزراعي في الأسواق أو عرضه للبيع دون الحصول على بطاقة منتج صادرة من وزارة البيئة والمياه والزراعة. كما نص على مادة تضمنت «دون إخلال بأي عقوبة أشد ينص عليها نظام آخر، يعاقب كل من يخالف أياً من أحكام النظام أو اللائحة بواحدة أو أكثر من أربع عقوبات»، الأولى منها غرامة لا تزيد على 15 مليون ريال، فضلاً عن إيقاف الترخيص - جزئياً أو كلياً - لمدة لا تتجاوز عاماً، وإلغاء الترخيص، وإغلاق المنشأة لمدة لا تتجاوز شهراً. واحتوى التنظيم الجديد السجن مدة لا تزيد على 5 أعوام وبغرامة لا تزيد على 10 ملايين ريال، أو بإحدى هاتين العقوبتين؛ كل من قام تصنيع أي مبيد محظور أو مغشوش، أو استيراده، وإيذاء أي نوع من أنواع الثروة الحيوانية، واستيراد أو إدخال أي نوع من ثروات القطاع الزراعي المحظورة دون موافقة الوزارة، وإعاقة عمل المفتشين. كما فرض النظام غرامة عن كل يوم يستمر فيه المخالف في مخالفته بعد تبليغه بقرار اللجنة، على أن يبدأ احتساب هذه الغرامة من التاريخ الذي يحدده قرار اللجنة، ومضاعفة الغرامة في حال تكرار المخالفة نفسها. وتعد المخالفة مكررة إذا وقعت خلال (3) سنوات من تاريخ ارتكاب المخالفة التي سبقتها، وتضمين القرار الصادر بتحديد العقوبة النص على نشر منطوقه على نفقة المخالف في صحيفة محلية تصدر في مكان إقامته، فإن لم يكن في مكان إقامته صحيفة ففي أقرب منطقة له، أو نشره في أي وسيلة أخرى مناسبة، وذلك بحسب نوع المخالفة المرتكبة وجسامتها وآثارها، على أن يكون نشر القرار بعد تحصنه بمضي المدة المحددة نظاماً أو بتأييده من المحكمة المختصة، مع الطلب من المحكمة المختصة الحكم بمصادرة المضبوطات محل المخالفة. ونص النظام على منح الوزير مكافأة مالية لمن يساعد من غير المفتشين في الكشف عن أي من مخالفات أحكام النظام واللائحة. وتحدد بقرار من الوزير قواعد توزيع المكافآت، على ألا يتجاوز مبلغ المكافأة 50 ألف ريال. كما أقر تنظيم نشاط الممارسات الزراعية الجيدة، وجهات التوثيق وشروط الترخيص والحصول على الشهادة، وحظر زراعة المحاصيل الزراعية المستنزفة للمياه أو تقييدها، مع مراعاة الميزة النسبية للمناطق التي تحددها الوزارة، وحظر الزراعة مؤقتاً في المناطق التي يشتبه وجود آفة أو وباء أو تلوث فيها. وحظر النظام نقل أي من ثروات القطاع الزراعي أو منتجاته المصابة أو المشتبه في إصابتها بأي مرض أو آفة أو وباء، أو تداولها، أو التصرف بها، دون موافقة الوزارة،. ولا يجوز لأي فرد أو جهة في المملكة إرسال أي مادة أو عينة تتعلق بالثروة الحيوانية أو المائية الحية إلى خارج المملكة لإجراء الفحوص المخبرية المرضية إلا بعد موافقة الوزارة.
