قال مسؤولون أميركيون ومحللون عرب ان أيمن الظواهري الذي كان يعتبر الرجل الثاني في تنظيم القاعدة هو شخصية مثيرة للانقسام داخل التنظيم وليس أكيداً أنه سيتولّى القيادة بعد مقتل أسامة بن لادن. ونقلت صحيفة "واشنطن بوست" عن مسؤولين أميركيين في مكافحة الإرهاب ان تسلّم الظواهري لقيادة القاعدة خلفاً لبن لادن ليست مضمونة لأنه شخصية لا تجمع عليها جميع أوساط التنظيم وفروعه. واعتبر المسؤولون أن بيان القاعدة الذي أكد فيه مقتل بن لادن لم يأت على ذكر خليفته وهو أمر يشير إلى عدم وجود توافق حول شخصية جامعة تقود التنظيم. وقال مسؤول استخباراتي أميركي في إيجاز صحافي في وزارة الدفاع (البنتاغون) انه لو أجرى تنظيم القاعدة انتخابات لواجه الظواهري معركة صعبة جداً. وقال مسؤول آخر انه في حين ان العديد من القيادات الداخلية في التنظيم قتلت في السنوات الأخيرة إلاّ أنه لا يزال هناك بدائل عن الظواهري بينهم الليبيان عطية عبد الرحمن وأبو يحيى الليبي اللذان يتمتعان بشعبية في التنظيم. وقال فواز جرجس أستاذ دراسات الشرق الأوسط في كلية لندن للاقتصاد الذي درس الظواهري وتاريخ القاعدة ان الظواهري هو "المنظّر الرئيسي للجهاد العالمي. لا أحد لديه ثقله وفكره. يعتبر عملاقاً بين الشخصيات المتبقية في القاعدة ولكن لا شك ان الظواهري شخصية مثيرة للخلاف في التنظيم". من جانبها نقلت شبكة "سي أن أن" الإخبارية الأميركية عن الدكتور عبد الخالق عبد الله ، أستاذ العلوم السياسية في جامعة الإمارات، إن "الظواهري هو المرشح الأول لزعامة التنظيم، ولكنه شخص خلافي غير جذاب، وبه الكثير من المتناقضات، ولا أتوقع أن يلتفت إليه أحد كزعيم للقاعدة". وشدد على ان "غياب بن لادن عن تنظيم القاعدة يعني نهاية القاعدة كما يعرفها العالم، وبالتالي لن تعود إلى ما كانت عليه أبداً، فهذا التنظيم قد ضرب ضربة قاتلة بمقتل زعيمه"، لافتاً إلى انه "مهما كانت قوة الشخص الذي سيتولى قيادة التنظيم، فلن يحصد شعبية بن لادن، الذي هو بمثابة مصدر إلهام للقاعدة ولشباب كثيرين. واستبعد منتصر الزيات، محامي الإخوان المسلمين بمصر أن يصبح الظواهري الرجل الأول للتنظيم، قائلاًً "رغم أن الظواهري في رأيي، هو العقل المدبر لتنظيم القاعدة، إلا أنه من خلال متابعتي لنشاطه، أرى أنه يفضل دائماً دور الرجل الثاني، مبتعداً عن الواجهة". ووصف الزيات أهمية الظواهري لتنظيم القاعدة بأهمية المخ للجسد، وقال انه "هو من ضم بن لادن لتنظيم القاعدة، فحين توجه (بن لادن) إلى أفغانستان، كان عنصر إغاثة ينحصر دوره في تقديم الأموال، وبناء المعسكرات للمجاهدين العرب، لكن حين تعرف إلى الظواهري، تلقن الفكر الجهادي، وتحول إلى مقاتل جهادي".
