في إطار الشراكة التي كانت قائمة بين صاحب السمو الملكي الأمير نايف بن عبدالعزيز (يرحمه الله) والمؤسسات الأكاديمية التي تولت تهيئة البيئة البحثية اللازمة لنجاح الكراسي داخل المملكة وخارجها فقد تبنى سموه تمويل ودعم وتطوير عدد من الكراسي العلمية في عدد من الجامعات داخل المملكة وخارجها كان أبرزها: كرسي الأمير نايف للدراسات الإسلامية والعربية بجامعة موسكو. تأسس عام 1995م بمعهد بلدان آسيا وأفريقيا بهدف الإسهام في تطوير العلاقات بين روسيا والمملكة، بالإضافة إلى تطوير الثقافة والتعليم الإسلامي في روسيا. كرسي تنمية الشباب. الكرسي يهدف إلى رسم سياسيات واستراتيجيات علمية تحدد متطلبات واحتياجات الشباب بمختلف فئاتهم العمرية وينفتح على مختلف التجارب العالمية في مجال تنمية الشباب من أجل الاستفادة منها في إجراء البحوث والدراسات للوصول إلى أفضل الحلول وأكثرها كفاءة وفعالية مع الأخذ في الاعتبار المحددات التي تفرضها البيئة المحلية. ومن أهم أولويات الكرسي توعية الشباب وحفظهم من مخاطر التغرير بهم ومد جسور التعاون مع رجال الأمن والفكر في الوطن والخدمات الموجهة للشباب من أجل تعزيز إمكاناتهم وقدراتهم وتمليكهم المعارف والمهارات التي تشكل القاعدة التي ينطلقون منها في تشكيل مستقبلهم وتحقيق طموحاتهم وتجسيد إبداعاتهم وابتكاراتهم. كرسي الأمير نايف للأمن الفكري يسعى الكرسي إلى تحقيق الريادة محليا ودوليا في دراسات الأمن الفكري، وذلك من خلال تقديم دراسات تعنى بأنجح الطرق لبناء المفاهيم الصحيحة والتصورات السليمة، المؤدية إلى تحصين فكر أفراد المجتمع المسلم من الأفكار المنحرفة المهددة لأمنه وازدهاره. وذلك من خلال القيام بأنشطة علمية مختلفة تتمحور حول عناصر تعزيز الأمن الفكري ومصادر التهديد له بطرق علمية منهجية رصينة متميزة. كرسي الأمير نايف لدراسة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر يمثل برنامج علمي بحثي يسهم في الدراسات المتخصصة بميدان الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وتطوير أداء القائمين به وتقديم الدعم العلمي والمادي لكافة الباحثين بما يحقق هدفه في تنمية البحث العلمي في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وتشجيع الكفاءات العلمية في إعداد الدراسات العلمية النظرية والتطبيقية في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، والإسهام في إيجاد حلول علمية وعملية وابتكار الوسائل والأساليب الجديدة لمعالجة الأفكار المنحرفة والسلوكيات السيئة التي تؤرق المجتمع وتدريب الكوادر المعنية بإقامة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وتطوير قدراتهم والتعرف على مدى انتشار بعض الممارسات والظواهر السلبية في المجتمع وتأسيس تجمع بحثي للمهتمين في شعيرة الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وتنمية جيل من الباحثين وطلاب الدراسات العليا في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، وتوفير مرجعية بحثية علمية وتقديم الاستشارات العلمية في مجال الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر للجهات التي تطلبها داخل المملكة أو خارجها وتيسير تبادل الإنتاج العلمي في مجال دراسات الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر وتبادل المنافع بين الجامعة والهيئات والمؤسسات داخل المملكة وخارجها، وتقديم الدعم العلمي والمادي لكافة الباحثين بما يحقق هدفه. كرسي الأمير نايف للوقاية من المخدرات يشكل كرسي الأمير نايف للوقاية من المخدرات في جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية إضافة نوعية إلى برنامج كراسي البحث بجامعة الإمام لما يؤمل أن يسهم به الكرسي في الجهود الوطنية الهادفة إلى مواجهة ظاهرة تعاطي المخدرات التي تمثل إحدى الظواهر السلبية في المجتمع حيث إن أهم العوامل التي تدعم فرص نجاح الكرسي في تحقيق أهدافه الشراكة الاستراتيجية التي ستتم بين الجامعة ممثلة بمجلس كراسي البحث واللجنة الوطنية لمكافحة المخدرات ممثلة بأمانتها العامة حيث سيسخر الكرسي نشاطاته البحثية والاستشارية والتدريبية لتلبية متطلبات الوقاية من المخدرات بالتعاون مع اللجنة. كرسي الأمير نايف للقيم الأخلاقية يهدف كرسي الأمير نايف للقيم الأخلاقية في جامعة الملك عبدالعزيز إلى تعزيز دور المجتمع السعودي بقيمه وتفاعله مع العالم بأخلاقيات أصيلة وتقنيات حديثة، من خلال التعريف بالقيم الأخلاقية الإسلامية للعالم عن طريق الندوات والمؤتمرات والمشاركات المتنوعة ومن خلال رصد أسباب ومظاهر انحسار القيم الإيجابية وانتشار القيم والمفاهيم السلبية، كما يهدف الكرسي إلى وضع خطط ومشاريع وبرامج تعريفية لأهمية القيم الأخلاقية بالإضافة إلى وضع المعايير والمؤشرات التي تحكم تطبيق القيم في المجتمعات مرتكزة على الشريعة الإسلامية، كما يسعى الكرسي للوصول إلى الدليل القيمي المشتمل على الضوابط والمعايير العلمية التي يمكن العمل بها والتواصل من خلالها مع الثقافات الإنسانية الأخرى، وإعداد منهج تعليمي يعنى بالقيم الأخلاقية، ونتيجة لما للجامعة من خبرات واسعة في عمل الأبحاث النافعة والتي من خلالها نشأت فكرة استثمار الجامعة لفكرة ترسيخ البحث العلمي من خلال إنشاء العديد من الكراسي العلمية، لا سيما أن هناك العديد من الكوادر العلمية والبحثية المؤهلة ذات الخبرات الواسعة. كرسي الأمير نايف لدراسة الوحدة الوطنية الكرسي يهدف إلى غرس روح المواطنة وتنمية الحس الوطني لكافة شرائح المجتمع منها ما كان موجها للطفل بهدف غرس القيم الوطنية وتوضيح أهمية الوحدة الوطنية بأسلوب قصصي بسيط ومنها ماكان موجها للآباء والأمهات والمعلمين، من خلال رسائل وبرامج إعلامية تلفزيونية وإذاعية، وكذلك برامج موجهة للأئمة وخطباء المساجد لتفعيل دور المساجد والخطاب الديني في تنمية الحس الديني وتقوية اللحمة الوطنية والتحذير من كافة عوامل الفرقة، وجميع دراساته تتعلق بالمواطنة والوطنية والطائفية والمذهبية والقبلية والإقليمية والمناطقية والمساواة والعدالة، ووقعت جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية تمويل الكرسي يوم الأربعاء 21 - من جمادى الآخرة لعام 1429ه الموافق 25/ يونيو 2008م وبدأ الكرسي فعالياته وبرامجه منذ ذلك التاريخ.
