يرجع العلماء السبب الرئيسي في ملوحة مياه البحر لوجود كلوريد الصوديوم بنسبة مرتفعة جداً في الكرة الأرضية وتحديداً في القشرة، فقد احتوت قشرة الكرة الأرضية على العديد من العناصر الكيميائية المختلفة في الكثافة، وعندما بردت القشرة الأرضية حدثت فيها تفاعلات كيميائية عدة أدت إلى تكوين مركبات من تلك العناصر، وتتميّز هذه المركبات بأنّها قابلة للذوبان في الماء، وتدعى هذه المركبات بالقلوية الملحية والتي بسببها أصبحت مياه البحر مالحة. وبحسب موسوعة «mawdoo3.com» تختلف نسبة ملوحة المياه من منطقة إلى أخرى، وعلى سبيل المثال تكون مياه البحر الميت شديدة الملوحة؛ لقلة المياه العذبة الواصلة إليه، إضافة إلى ارتفاع درجة الحرارة التي تؤدي إلى زيادة معدلات التبخر، وبالتالي زيادة تركيز الأملاح، أما مياه بحر البلطيق فهي قليلة الملوحة؛ وذلك لوصول كميات كبيرة من المياه العذبة إليه عن طريق الأنهار التي تصب فيه.