تمثل منظمة التعاون الإسلامي هيكلاً إدارياً متكاملاً للتعامل مع القضايا الملحة التي تواجه الدول الأعضاء، كما أنها تمثل كياناً شبكياً يجمع كل الدول المشاركة فيه في عدة نشاطات واتفاقيات وتحالفات تضمن لإجهزته الفاعلية والصوت المسموع في المجتمع الدولي. وتتكون منظمة التعاون الإسلامي من 3 أجسام إدارية رئيسية أولها مؤتمر الملوك ورؤساء الدول والحكومات، وهو يشكل السلطة الفعلية والعليا للمنظمة ويجتمع مرة كل ثلاث سنوات لوضع سياسة المنظمة. والثاني مؤتمر وزراء الخارجية، وهو يلتئم مرة في السنة لدراسة تطورات وتقدّم العمل في تطبيقِ القرارات التي تم وضعها في اجتماعات القمّة الإسلامية. وأخيرا الأمانة العامة وهي جهاز المنظمة التنفيذي، الذي يتوقع منه متابعة القرارات وحث الحكومات على تطبيقها. أجهزة المنظمة تتكون أجهزة المنظمة من 4 لجان دائمة و8 أجهزة متفرعة يختلف رؤساؤها وتتوزع مقارها على معظم الدول المشاركة في منظمة المؤتمر الإسلامي. ولجان المنظمة الدائمة هي لجنة القدس ويرأسها ملك المملكة المغربية. مقرها الرباط، المملكة المغربية، اللجنة الدائمة للإعلام والشؤون الثقافية (كومياك)، ويرأسها رئيس جمهورية السنغال، ومقرها في داكار، السنغال، اللجنة الدائمة للتعاون الاقتصادي والتجاري (كومسيك)، ويرأسها رئيس الجمهورية التركية، ومقرها أنقرة، تركيا، اللجنة الدائمة للتعاون العلمي والتقني (كومستيك)، ويرأسها رئيس جمهورية باكستان الإسلامية، ومقرها إسلام أباد، جمهورية باكستان الإسلامية. الأجهزة المتفرعة أما الأجهزة المتفرعة فهي الأجهزة المنشأة في إطار منظمة التعاون الإسلامي بناء على قرار من التعاون الإسلامي للملوك ورؤساء الدول والحكومات أو التعاون الإسلامي لوزراء الخارجية، وتكتسب عضويتها بصورة تلقائية من الدول الأعضاء، ويتم تمويلها بوساطة مساهمات الدول الأعضاء الإلزامية والمساهمات الطوعية ومن المداخيل المتأتية مما تقدمه من خدمات. وتقر ميزانياتها من قبل التعاون الإسلامي لوزراء الخارجية، وهي مركز البحوث الإحصائية والاقتصادية والاجتماعية والتدريب للدول الإسلامية، أنقرة، تركيا، مركز البحوث للتاريخ والفنون والثقافة الإسلامية، إسطنبول، تركيا، الجامعة الإسلامية للتقنية، دكا، بنغلاديش، المركز الإسلامي لتنمية التجارة، الدار البيضاء، المملكة المغربية، مجمع الفقه الإسلامي الدولي، جدة، المملكة العربية السعودية، صندوق التضامن الإسلامي ووقفه، جدة، المملكة العربية السعودية، الجامعة الإسلامية في النيجر، الجامعة الإسلامية في أوغندا. مؤسسات وأجهزة متخصصة المؤسسات والأجهزة المتخصصة في منظمة التعاون الإسلامي هي المؤسسات والأجهزة المنشأة في إطار المنظمة بموجب قرار من مؤتمر القمة أو التعاون الإسلامي لوزراء الخارجية، وتكون عضويتها مفتوحة بصورة اختيارية أمام الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي، وتتميز بأن ميزانياتها مستقلة عن ميزانية الأمانة العامة أو ميزانيات الأجهزة الفرعية، وتعتمد ميزانيات هذه الأجهزة النصوص والتشريعات في أنظمتها الأساسية، والمؤسسات هي: البنك الإسلامي للتنمية، جدة، المملكة العربية السعودية، المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة، الرباط، المملكة المغربية، وكالة الأنباء الإسلامية الدولية (إينا)، جدة، المملكة العربية السعودية، منظمة إذاعات الدول الإسلامية (إسبو)، جدة، المملكة العربية السعودية. مؤسسات المنظمة يحق للمؤسسات والأجهزة التابعة للدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي أن تنضم بصفة اختيارية إلى عضوية هذه المؤسسات. وميزانياتها مستقلة عن ميزانيات الأمانة العامة والأجهزة المتفرعة والمتخصصة. ولقد أنشئت برعاية مؤتمرات القمة الإسلامية والمؤتمر الإسلامي لوزراء الخارجية. ويجوز منح المؤسسات المنتمية صفة مراقب بموجب قرار يصدره المؤتمر الإسلامي لوزراء الخارجية، كما يجوز لها تلقي مساعدات طوعية من الأجهزة المتفرعة والمتخصصة وكذلك من الدول الأعضاء، وهي الغرفة الإسلامية للتجارة والصناعة، كراتشي، باكستان، منظمة العواصم والمدن الإسلامية، مكةالمكرمة، السعودية، الاتحاد الرياضي لألعاب التضامن الإسلامي، الرياض، المملكة العربية السعودية، اللجنة الإسلامية للهلال الدولي، بنغازي، ليبيا، الاتحاد الإسلامي لمالكي البواخر، جدة، المملكة العربية السعودية، الاتحاد العالمى للمدارس العربية الإسلامية الدولية، القاهرة، مصر، منتدى شباب التعاون الإسلامي للحوار والتعاون، إسطنبول، تركيا، الاتحاد الدولي للكشاف المسلم، الأكاديمية الإسلامية العالمية للعلوم، اتحاد المستشارين في البلدان الإسلامية، المجلس العام للمصارف الإسلامية والمؤسسات المالية، اتحاد المقاولين في البلدان الإسلامية، شبكة الجامعات الافتراضية في العالم الإسلامي.
