أثار رحيل البابا شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، مخاوف الأقباط حول من سيخلف البابا في هذا الوقت العصيب خاصة أن شنودة كان حكيما في احتواء العدد من القضايا رغم ما مر به من أزمة مع الرئيس السادات الذي فرض عليه العزلة وتحديد إقامته، ثم عودته مرة أخرى في 1984 ليلعب دورة الديني والوطني، حيث كان له دور هام في إطفاء حريق الفتنة الطائفية أكثر من مرة. وقال مصدر قانوني في الكنيسة الأرثوذكسية إن اختيار البابا الجديد يكون بالانتخاب ثم القرعة الهيكلية، حيث يبدأ فتح بابا الترشح للانتخابات بعد أربعين يوما من رحيل البابا شنودة، ويتم طرح الأسماء المرشحة لتولى الكرسي البابوي للانتخاب أمام جمعية الناخبين المؤلفة من أعضاء المجمع المقدس، الذي يضم 120 أسقفا ومطرانا، بالإضافة إلى أعضاء المجلس الملي وأعضاء مجلسي الشعب والشورى السابقين والحاليين، وسبعة أعضاء من المجلس الملي بكل محافظة، وبعد انتخاب ثلاثة من المرشحين تجرى القرعة الهيكلية لاختيار البابا، حيث توضع الأسماء الثلاثة داخل صندوق في غرفة مظلمة، ويقوم طفل صغير باختيار أحد الأسماء حتى لو كان الأقل في عدد الأصوات، وهذا ما حدث مع البابا شنودة حيث تم سحب اسمه بينما كان ترتيبه الثالث بعدد الأصوات التي نالها. فيما صرح مصدر كنسي أن الكنيسة تحضر لاختيار البابا الذي يخلف الراحل، والتي تضم عدة أسماء من بينها، الأنبا بيشوي، سكرتير المجمع المقدس، والأنبا موسي، أسقف الشباب، والأنبا يؤانس، الأسقف العام وسكرتير البابا، والأنبا بولا أسقف طنطا والأنبا أرميا سكرتير البابا. ومن ناحية أخرى، توقع النائب القبطي إيهاب رمزي عضو مجلس الشعب، أن تواجه عملية اختيار من يخلف البابا شنودة الثالث بعض المشكلات، من بينها عدم وجود رئيس لمصر. وقال رمزي بأن أولى هذه المشكلات تتعلق بارتباط بعض البلدان في إفريقيا بالكنيسة، وبالنسبة لإثيوبيا على وجه الخصوص، حيث تقضي اللائحة المعمول بها داخل الكنيسة المصرية بأن يشارك إمبراطور إثيوبيا، إضافة إلى 20 شخصية إثيوبية عامة يختارهم الإمبراطور الإثيوبي في اختيار بابا الكنيسة المصرية التي تتبعها الكنيسة الإثيوبية وعدد من الكنائس الأخرى في إفريقيا. وأضاف أن المشكلة الأخرى تتعلق بضرورة صدور قرار من رئيس الجمهورية بمصر باختيار البابا الجديد، وفي ظل عدم وجود رئيس في مصر في الوقت الحالي، فهناك بعض العوائق التي ستقف أمام اختيار البابا. وتوقع رمزي أن يقوم المجمع الكنسي المقدس بمهام البابا في مرحلة انتقالية، تستمر حتى اختيار رئيس لمصر، ومن ثم اختيار البابا الجديد. وقال رمزي: إن البابا كان شخصية ذات ثقل كبير وترك فراغا كبيرا في مختلف المجالات فهو ليس شخصية دينية فقط.
