حوى مشروع نظام الضريبة الانتقائية جملة من العقوبات المنصوص على تطبيقها بشأن كل من يخالف أحكامه، كما شدد على تولي موظفين يصدر بتسميتهم قرار مجلس إدارة هيئة الزكاة والدخل، الرقابة والتفتيش وضبط مخالفات أحكام النظام ولهم دخول المستودعات الضريبية أو المتاجر أو غيرها من الصلاحيات اللازمة لأداء مهماتهم، ولمجلس الإدارة منح مكافآت مالية لكل من يسهم من غير موظفي الهيئة في الكشف عن مخالفات النظام واللائحة. وحذر المشروع من منع وإعاقة موظفي الزكاة والدخل من أداء واجباتهم الوظيفية في الرقابة والتفتيش وضبط المخالفات، ونص على معاقبة من يقوم بذلك بغرامة لا تزيد على 50 ألف ريال وتطبق العقوبة نفسها على من لم يلتزم بتقديم المعلومات التي تطلبها الهيئة وكل من خالف أي من أحكام النظام ولائحته التنفيذية، وفي حال تكرار المخالفة نفسها خلال ثلاث سنوات من تاريخ صدور قرار الهيئة بثبوت المخالفة، فتجوز مضاعفة الغرامة المقررة أو تعليق رخصة استيراد أو إنتاج السلع الانتقائية لمدة لا تزيد على ستة أشهر، ولا يخل إيقاع العقوبات باستيفاء الضريبة المستحقة. وأسند نظام الضريبة الانتقائية لهيئة الزكاة إيقاع العقوبات المنصوص عليها فيه وفقاً تصنيف للمخالفات وتحديد العقوبات ولها تضمين القرار الصادر بالعقوبة، النص على نشر منطوقه على نفقة المخالف في صحيفة محلية، كما أجاز لمن صدر ضده قرار العقوبة التظلم منه أمام الجهة القضائية المختصة. وتفرض الضريبة على السلع الانتقائية وفقاً للأحكام التي نصت عليها الاتفاقية الموحدة للضريبة الانتقائية لدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية، كما تطرح هذه السلع للاستهلاك وفقاً للإجراءات التي تحددها اللائحة، كما يكون وفقاً لها نقل السلع في وضع معلق للضريبة داخل المملكة، إضافة إلى تحديد اللائحة للقواعد الإجرائية المتعلقة بالضريبة في المناطق والأسواق الحرة. وطالبت مواد المشروع المتقدم لهيئة الزكاة والدخل بطلب التسجيل لأغراض الضريبة عند رغبته مزاولة استيراد السلع الانتقائية أو إنتاجها أو حيازتها تحت وضع معلق للضريبة، ويكون المسجل مسؤول سلامة السلع ويمكن الهيئة من أدوارها الرقابية، ونص المشروع على أن تحدد اللائحة التنفيذية شروط استرداد الضريبة وإجراءاته ومن يكون له استرداد عند استحقاقه. ويعاقب المتهرب من الضريبة بغرامة لا تقل عن قيمة الضريبة المستحقة ولا تزيد على ثلاثة أمثال قيمة السلع الانتقائية محل التهرب، ويغرم كل من لم يسدد الضريبة بما يعادل 5% من قيمة الضريبة غير المسددة عن كل شهر أو جزء منه لم تسدد عنه، وبغرامة لا تزيد على 25% ولا تقل عن 5% من قيمة الضريبة يعاقب كل من سجل ولم يقدم إقرارا ضريبيا لهيئة الزكاة والدخل عن الفترة الضريبية التي تحددها اللائحة، وللهيئة استثناء المستوردين من تقديم الإقرار وفقاً للشروط والإجراءات التي تحددها اللائحة.
