في عام 1419ه، صدر الأمر السامي الكريم المتضمن الموافقة على دمج فرعي جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية وجامعة الملك سعود بالجنوب تحت مسمى جامعة الملك خالد، وصدرت الموافقة السامية رقم 7/ب/4096 بتاريخ 14/3/1420ه على قرار مجلس التعليم العالي ويتضمن القرار الهيكل الأكاديمي للجامعة من كليات ومعاهد وأقسام علمية وعمادات مساندة. وتتلخص رؤية جامعة الملك خالد في السعي لدور ريادي ذي عمق إقليمي وبعد عالمي وتميز معرفي وبحثي وإسهام مجتمعي فاعل نحو جودة تنافسية، وتركز رسالتها على توفير بيئة أكاديمية لتعليم عالي الجودة، وإنجاز بحوث إبداعية، وتقديم خدمات بناءة للمجتمع، وتوظيف أمثل لتقنيات المعرفة. وتسعى الجامعة إلى تحقيق طموحات المملكة في تنمية المعرفة البناءة، التي تسهم في دعم الأهداف الدينية والوطنية، والوصول إلى مستوى علمي وبحثي وخدمي متميز مع تحقيق معايير الجودة الشاملة، وتهيئة بيئة أكاديمية مناسبة لاستقطاب أعضاء هيئة التدريس المتميزين وتطوير قدراتهم المعرفية والمهنية، وتفعيل ونشر التقنية وصولًا إلى مجتمع المعرفة وغير ذلك من الأهداف الاستراتيجية البناءة. ويمثل فرعا جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية وجامعة الملك سعود بأبها نواة جامعة الملك خالد. وكان فرع جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية انطلق بكلية الشريعة عام 1396ه، ثم فصلت الكلية عام 1403ه إلى كليتين مستقلتين هما كلية الشريعة وأصول الدين، وتضم ثلاثة أقسام دراسية تمنح درجة البكالوريوس، وهي قسم الشريعة وقسم أصول الدين ويضم ثلاث شعب هي شعبة العقيدة، وشعبة القرآن وعلومه، وشعبة السنة، وقسم الاقتصاد. والكلية الاخرى هى كلية اللغة العربية والعلوم الاجتماعية، وتمنح درجة البكالوريوس في تخصصات قسم اللغة العربية، قسم التاريخ، قسم الجغرافيا، قسم علم الاجتماع، قسم علم النفس والتربية قسم العلوم الإدارية، قسم اللغة الإنجليزية والترجمة وقسم المحاسبة.
