على الرغم من جهود ماليزيا الكبيرة للقضاء على الإرهاب، ودورها البارز في مكافحته، لا تزال ماليزيا هدفا مهما للتنظيمات الإرهابية بعد أن أعلنت جماعات إرهابية إقليمية استهدافها. وأوضح المركز العالمي لمكافحة الفكر المتطرف (اعتدال) أن ماليزيا تواجه تحديات مهمة في طريقها للقضاء على التطرف وتجفيف منابعه، وهي كالتالي: وجود جماعات متعددة تستهدف ضرب أمنها واستقرارها، ك«داعش، القاعدة، جماعة أبوسياف»، القضاء على المسلحين المحليين والمتعاطفين مع قضية «داعش»، تسلل الإرهابيين إلى التجمعات الوطنية والإقليمية، القيام بعمليات استباقية قبل حدوث أي عمليات إرهابية، عدم وجود تنسيق وتعاون كاف بين الحكومات المعنية في مجال الإرهاب.
