تأسس معهد الحرم المكي الشريف في عهد جلالة الملك فيصل بن عبدالعزيز آل سعودي -رحمه الله- وأشرف عليه سماحة الشيخ عبدالله بن حميد –رحمه الله- الذي كان رئيساً للإشراف الديني بالمسجد الحرام آن ذاك. وتولى الإشراف على المعهد في تاريخ المشرف كلاً من: سماحة الشيخ محمد السبيل –رحمه الله- من عام 1385-1388ه فضيلة الشيخ صالح المقوشي –رحمه الله- من 1388-1421ه فضيلة الشيخ الدكتور يوسف الوابل عام 1421ه فضيلة الشيخ الدكتور فواز القايدي من عام 1422-1433ه فضيلة الشيخ سلمان المقوشي من عام 1433إلى 1437ه فضيلة الشيخ عبدالرحمن الشهري من 1437ه وحتى الآن. وفي العهد الحالي يرتبط المعهد مباشرة بمعالي الرئيس العام لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي الشيخ الدكتور عبدالرحمن بن عبدالعزيز السديس. ويهدف معهد الحرم المكي الشريف إلى : عمارة المسجد الحرام بدروس العلم , وترسيخ منهج الوسطية والاعتدال , وتكوين طلبة وعلماء من جنسيات متعددة , وتقوية أواصر الأخوة الإسلامية , وتوثيق الصلة بين طلاب المعهد وأهل العلم الراسخين فيه , ورفع المستوى التعليمي والثقافي لموظفي الرئاسة , بالإضافة إلى منح الطلاب شهادات علمية معتمدة . ورسالته الخالدة هي تخريج جيل متميز يرقى بنفسه ووطنه ويسعى إلى النهوض بمسيرة أمته على هدى من الكتاب والسنة. وللمعهد مجلس علمي برئاسة معالي الرئيس العام يتولى الإشراف علي السياسة التعليمية المنفذة بمعهد الحرم المكي . أما ما يخص مراحله التعليمية فيتكون من مرحلتين؛ المتوسطة والثانوية والقسم العالي ( للمرحلة الجامعية الذي افتتح بتوجيه من معالي الرئيس العام الشيخ صالح الحصين –رحمه الله – عام 1423ه) وقد تخرّج من المعهد منذ نشأته حتى عام 1437ه 4530 طالباً بواقع 46 دفعة من الحرم المكي الشريف , و9 دفعات من فرع المدينة . كما افتتح فرع للمعهد بالمسجد النبوي عام 1423ه يتولى الإشراف عليه فضيلة الشيخ الدكتور علي العبيد . وافتتح في عام 1430ه القسم العالي بقرار المجلس العلمي . الجدير بالذكر أن إجراءات القبول والتسجيل تكون على النحو التالي : أن يكون المتقدم سعودي الجنسية أو معه إقامة نظامية سارية شهادة (ابتدائية أو متوسطة ) بتقدير عام جيد جداً فأعلى حديث التخرج ( منتظم) حسن السيرة والسلوك لائق صحياً الالتزام بالآداب الإسلامية اجتياز المقابلة الشخصية وما يخص اختبار القبول للمرحلة المتوسطة : حفظ الأصول الثلاثة . حفظ جزء عم . البرهان في تجويد القرآن الكريم . مراجعة الفقه والتوحيد والحديث ولغتي للمرحلة الابتدائية . والمرحلة الثانوية : حفظ ستة أجزاء من سورة فصلت إلى سورة الناس . حفظ متن الأجرومية . حفظ متن الرحبية. حفظ متن ألفية ابن مالك إلى باب الفاعل . فتح المجيد . عمدة الفقه . الرائد في علم الفرائض . متممة الأجرومية . البرهان في تجويد القرآن . شرح ابن عقيل (الجزء الأول) . وفيما يخص المستندات المطلوبة للتسجيل : صورة الشهادة مع الأصل للمطابقة . صورة شهادة حسن السيرة والسلوك مع الأصل للمطابقة. صورة من الهوية الوطنية للسعودي أو صورة من الإقامة لغير السعودي . صورتان شمسيتان مقاس 4*3. موافقة جهة العمل للمنتسب . تعبئة نموذج طلب الالتحاق . وفي الصورة أعلاه تفاصيل للمقررات الدراسية للمرحلتين ؛ المتوسطة والثانوية .
