بحلول عام 1952م وبعد قيام الجمهورية الأولى, كان الوضع السياسي للإخوان المسلمين في مصر يبدو واعداً. فأحد المنتمين للجماعة اختير في التشكيل الأول لأعضاء مجلس قيادة الثورة. كما أن ثلاثة من صقور المجلس -عبدالناصر وعبدالحكيم عامر وخالد محيي الدين- قد قاموا بزيارة مكتب الإرشاد في وقت سابق للثورة وأظهروا ميلاً لتوجهات الجماعة وتعاطفهم معها. كما أن وصول هؤلاء الضباط لسدة الحكم وإلغاؤهم الملكية وإعلانهم عن فترة انتقالية تسلم بعدها السلطة للشعب, قد زاد في أطماع الجماعة في الوصول لحكم مصر. وخاصة أن الثورة في أيامها الأولى قد وقفت إلى جانب الجماعة من خلال إصدار قرار بإعادة فتح ملف التحقيق في مقتل مؤسس الجماعة حسن البنا، والقبض على المتهمين باغتياله، وإصدار أحكام قاسية في حقهم. وما إن مضت أشهر قليلة على وصول العسكر للحكم حتى سعى الإخوان للعب دور تحريضي ضد جميع الأحزاب السياسية في مصر، وتكوين قناعة لدى الجيش بضرورة حلها, لعجزها عن تحقيق التغيير الذي ينشده الشعب نتيجة ترهلها وفسادها. فتم إصدار قرار جمهوري بحل جميع الأحزاب المصرية واستثني من ذلك جماعة الإخوان بدعوى أنها (جماعة دعوية وليس لها علاقة بالسياسة). وفي الفترة التي تلت إعلان هذا القرار قام بعض قياديي الجماعة بزيارة لعبدالناصر في مكتبه وأعلموه أنه في ضوء حل جميع الأحزاب فإنه لم يبق من مؤيدي الثورة سواهم, وفي حالة رغبته هو وزملائه في الحصول على تأييد الجماعة فإنه ينبغي على مجلس الثورة أن يعمل على أن تكون الجماعة في وضع يليق بمكانتها في المرحلة المقبلة. ثم بدأوا في سرد إملاءاتهم التي كان من ضمنها: -ألا يصدر أي قرار عن الثورة إلا بعد عرضه على مكتب الإرشاد. -ألا ينفذ أي قرار حكومي إلا بعد أن يقره مكتب الإرشاد. فكان رد عبدالناصر حاسما. إذ أخبرهم أنه لو كانوا يعتقدون أن الظرف الراهن هو ظرف المطالب وفرض الشروط فهم مخطئون كما أن الثورة لا تقبل وصاية من أية جهة. وانتهى ذلك الاجتماع الذي شكل في نظري نقطة تحول في علاقة جماعة الإخوان بالثورة وبداية الصدع في علاقتهما. ولاحقا،تبع ذلك سلسلة من المطالب رفضت جميعها، الأمر الذي جعل مرشد الجماعة آنذاك حسن الهضيبي يسارع إلى إعطاء تصاريح للصحافة العالمية تهاجم الثورة وسياساتها. فكان أن أدى ذلك إلى تعميق الأزمة وإلى ما يشبه القطيعة بين الجماعة والثورة. ورأت الجماعة أن الحل يكمن في إزاحة عبدالناصر فهو في نظرها يقف حائلا بين الجماعة وبين تحقيق أهدافها. فتم في عام 1954, تنفيذ محاولة لاغتياله نجا منها بأعجوبة، وعلى ضوء ذلك اتخذ مجلس قيادة الثورة قراره النهائي (بإقصاء الجماعة) فتم إصدار قرار تاريخي بحل الجماعة، وتفكيك جناحها العسكري، ومصادرة أموالها، واعتقال أغلب قياداتها وأعضائها. ثم تلتها ضربة استباقية وجهتها مخابرات عبدالناصر في عام 1965م ووجهت فيها للجماعة تهمة التآمر لقلب نظام الحكم فتم اعتقال عديد من المنتمين إليها, وتصفية أهم عناصرها وقادتها التاريخيين الذين كان من أبرزهم المفكر سيد قطب. إلا أنه بوفاة عبدالناصر في عام 1970م وتسلم السادات مقاليد السلطة في مصر فقد تبسم الحظ مجددا للجماعة إذ بادر الرئيس السادات إلى إصدار عفو رئاسي شمل أغلب الموقوفين على ذمة قضايا سياسية، وهو الأمر الذي مكن قيادات الجماعة من العودة للحياة العامة، ومن ثم بدأ حلم العودة لممارسة العمل السياسي مجددا يختمر في ذهنية هذه القيادات، ولكنهم هذه المرة قد وعوا الدرس جيدا فابتعدوا عن ممارسة العمل المسلح ضد السلطة، وركزوا جهودهم على نشر فكرهم وضم مزيد من الأتباع وخاصة بين طبقات الشعب التي تتميز بالفقر ومحدودية التعليم.مستفيدين من تشجيع الرئيس السادات للمَد الإسلامي للوقوف في وجه الحركة الشيوعية التي قد بدأت تنشط في مصر آنذاك وخاصة بين أبناء الطبقة المثقفة الذين فتنتهم أطروحات ماركس وتجديدات لينين في الفكر الشيوعي الأممي. وهكذا فقد عاد الإخوان المسلمون للعب دور سياسي ولكنه في هذه المرة قد اتسم بمداهنة السلطة وتجنب الاصطدام بها وخاصة في فترة الرئيس السابق مبارك، وهو الأمر الذي مكنها من عقد تفاهمات مع السلطة كان من أبرز نتائجها وصول بعض نوابها إلى مجلس الشعب وفوز بعض عناصرها برئاسة عديد من النقابات المهنية. إلى أن تمكنت أخيرا من إيصال أحد مرشحيها إلى رئاسة الجمهورية الثانية في مصر في أعقاب ثورة 25 من يناير.
