كشف تقرير حقوقي أن السجون المصرية شهدت قتل عدد كبير من السجناء بشكل جماعي بواسطة ضباط السجن بشكل كان أغلبه متعمدا، ولم يكن مرتبطًا بمحاولات هروب أو تصدّ لحالات تمرد وقعت داخل السجون في الفترة ما بين 29 يناير حتى 20 فبراير، ما نجم عنه مقتل أكثر من 100 سجين، وإصابة مئات النزلاء الآخرين. كما كشفت الأدلة الواردة في التقرير الصادر عن المبادرة المصرية للحقوق الشخصية والذي تناول 5 سجون هي (طره، واستئناف القاهرة، والقطا، وشبين الكوم، والأبعادية) عن نمط متشابه من قتل السجناء داخل هذه السجون، حيث لم يقتصر على الاستخدام المفرط وغير القانوني للأسلحة النارية بواسطة ضباط السجن، وإنما امتد إلى توجيه مجرى الرصاص إلى داخل عنابر السجن والزنازين، وضد سجناء غير مسلحين. ولفت التقرير بالشهادات والأدلة إلى أن مبرر استخدام العنف مع المساجين لمنع هروبهم لم يثبت في أي من السجون الخمسة، موضحا أن القانون ينص على أن لحراس السجن الحق في استخدام الذخيرة الحية في مواجهة محاولات الهروب فقط في الحالة التي لا تتوفر فيها وسيلة بديلة، وبعد توجيه إنذار بإطلاق النار، وعبر توجيه الرصاص إلى ساق السجين. وأوضح التقرير أن إطلاق النار في هذه السجون كان في أغلبه يستهدف الجزء الأعلى من أجساد الضحايا، مستشهدا بسجن "القطا" حيث تضم قائمة السجناء القتلى الصادرة عن نيابة شمال الجيزة الكلية أسماء 33 سجينًا لقوا مصرعهم في الفترة من 25 يناير إلى أول مارس 2011، منهم 31 سجينا لقوا مصرعهم نتيجة الإصابة بطلق ناري، وكانت الإصابة في 14 حالة منهم إما في الرأس أو الوجه أو الرقبة؛ في حين كانت إصابات 14 سجيناً آخرين في الصدر والبطن والظهر، كما أن أغلب حالات إطلاق الرصاص لم يسبقها توجيه أي إنذار. وفي سجن ليمان طره قام ضباط السجن يوم 29 يناير 2011 بإطلاق النار على السجناء داخل العنابر، وفي بعض العنابر قام الحراس بإطلاق النار على السجناء داخل الزنازين، بينما ألقوا بالقنابل المسيلة للدموع داخل عنابر أخرى. وفي سجن الاستئناف، كما أشار التقرير إلى أن بعض الحالات خلال هذه الفترة تُركت جثث القتلى لأيام لتتعفن داخل عنابر السجون، ووسط السجناء الأحياء، حيث ثبت ولم يتلقَّ السجناء المصابون في سجون القطا والاستئناف وشبين الكوم وطره أي رعاية طبية حقيقية لمدة تقرب من 10 أيام منذ بدء عمليات إطلاق النار في الأيام الأخيرة من يناير.
