اتهمت منظمة "هيومان رايتس ووتش" الحقوقية جميع الأطراف السودانية المتحاربة في دارفور بارتكاب جرائم حرب مثل اغتصاب النساء وحرق القرى ومهاجمة المدنيين. وقالت المنظمة في تقرير للعام 2006 ان سجل حقوق الإنسان في السودان استمر سيئاً جداً، في حين أدى اتفاق أبوجا للسلام في أيار مايو الماضي إلى تعمّق الانقسامات بين الحركات المتمردة في دارفور، علماً أن الحكومة وقّعت الاتفاق مع فصيل واحد من المتمردين فصيل مني أركو مناوي في"حركة تحرير السودان". وأشارت إلى أن الخلافات حول عملية الوساطة واتفاق السلام أدت إلى إيجاد مزيد من الصراعات وإلى"انتهاكات خطيرة"بحق المدنيين بينها التشريد القسري والقتل والاغتصاب وتصاعد الهجمات التي تستهدف عمال الإغاثة الإنسانية. ولاحظت أنه لم يكن لإنشاء محكمة وطنية خاصة عام 2005 للتعامل مع الجرائم في دارفور أي أثر على استمرار تمتع قادة الميليشيات والمسؤولين الحكوميين المسؤولين عن ارتكاب جرائم ضد الإنسانية ب"الإفلات من العقاب". وتحدثت عن رفع قوانين الطوارئ في السودان باستثناء دارفور، مشيرة إلى استمرار"الاعتقال والاحتجاز التعسفيين والتعذيب وغير ذلك من الانتهاكات التي تجري على يد الجيش السوداني وقوات الأمن"وعلى يد فصائل المتمردين أيضاً.
