أوجب الأمير نايف بن عبد العزيز آل سعود النائب الثاني لرئيس مجلس الوزراء وزير الداخلية، على جميع أجهزة الدولة وجميع الوزارات التعاون مع الهيئة الوطنية لمكافحة الفساد، وفي مقدمتها وزارة الداخلية والأجهزة التابعة لها. وأضاف سمو النائب الثاني خلال استقباله مساء الأحد 27 مارس / آذار 2011 رئيس الهيئة محمد بن عبد الله الشريف: "إن مكافحة الفساد لها مدلولات ومعان واسعة وهي كمكافحة المرض، ويجب أن تكون جميع الأبواب مفتوحة لكم لأداء واجباتكم بكل إخلاص وأمانة وبكل سهولة ويسر". وأكد سمو الأمير نايف بن عبد العزيز آل سعود، أن أمر خادم الحرمين الشريفين - أيّده الله - بإنشاء الهيئة هو بمثابة التفعيل القوي للإستراتيجية الوطنية لحماية النزاهة ومكافحة الفساد التي أقرت من مجلس الوزراء عام 1428ه ،والعزم على استمرار أنشطة مكافحة الفساد بقوة في الدولة، مشيرا سموه إلى أن ربط الهيئة مباشرة بخادم الحرمين الشريفين يعكس مدى حرصه على ألا يكون لإنشاء هذه المؤسسة التطويرية أي عوائق تحد من مهمتها في أداء رسالتها ومنحها الدعم المباشر من القيادة.