اعتمد مدير الجامعة الإسلامية بالمدينةالمنورة د. حاتم المرزوقي الهيكل التنظيمي الجديد للجامعة باستحداث 3 إدارات جديدة ، اثنتان منها ترتبط مباشرة بمدير الجامعة، وهما: مكتب التحول الوطني الذي يتولى الإشراف على مبادرات البرنامج الوطني وإعداد الخطط وقياس الأداء وإدارة المشاريع، وإدارة قطاع الأعمال التي تضم 4 وحدات تختص بالاستثمارات والأوقاف والمؤسسات المانحة وريادة الأعمال وذلك لتعزيز الموارد المالية الذاتية للجامعة والمساهمة في دعم الأنشطة والأبحاث والتطوير ودعم العلاقة بين الجامعة والمجتمع. وشملت الهيكلة استحداث إدارة المدينة الجامعية تضم إدارات المشاريع والصيانة والخدمات العامة بالإضافة إلى إدارة الإسكان والأمن والسلامة والتغذية والمطبعة التي جرى نقلها من إدارات أخرى، وكذلك تم استحداث إدارتين جديدتين تعنى بإدارة المرافق الرياضية والسلامة. كما أسند الهيكل التنظيمي الجديد عمادة شؤون الطلاب، وعمادة القبول والتسجيل، وشؤون الخريجين إلى وكالة الجامعة للتعاون الدولي والتبادل المعرفي مع استحداث إدارة جديدة بمسمى إدارة النشاط الرياضي تتبع للوكالة. وكذلك إنشاء مركز للإحصاء يكون تحت إشراف وكالة الجامعة للتطوير، وتغيير مسمى إدارة التوظيف إلى إدارة الموارد البشرية.