بعد توقف دام 13 عاماً استأنف السودان وكينيا التبادل التجاري وفق الاتفاقية التجارية الموقعة بين البلدين في عام 1977 حيث كان آخر بروتوكول تجاري موقع بين البلدين في عام 1980. وقد وقع البلدان في الخرطوم اخيراً على بروتوكول تجاري جديد لم يعلن عن حجمه وانما اعلن ان الصادرات السودانية لكينيا تشمل القطن والزيوت النباتية والصمغ والملح والذرة والفول والدخن، وتتضمن الصادرات الكينية الاسمنت ومنتجات الورق ومعدات النقل والمبيدات والاخشاب والبن والشاي. ونص البروتوكول على تكوين لجنة تجارية مشتركة وتشجيع رجال الاعمال في البلدين للدخول في مشاريع استثمارية مشتركة وخلق توأمة بين الغرف التجارية في البلدين وتشجيع اقامة المعارض وتقديم التسهيلات للعاملين في مجال التجارة الخارجية، كما نص على الاستفادة من التسهيلات الممنوحة للبلدين ضمن اطار منظمة التجارة التفضيلية وتسهيل حركة النقل العابر والترانزيت وتسهيل تجارة الحدود ومكافحة التهريب. واوضح الوكيل الاول لوزارة التجارة السوداني محمد نوري، عقب مراسم توقيع البروتوكول بين وزير التجارة السوداني ابراهيم عبيد الله ووزير التجارة الكيني اثر موقوقى، ان ميزان التبادل التجاري بين البلدين ظل لصالح كينيا على الدوام حيث بلغت صادراتها للسودان في عام 1991 حوالي 21 مليون دولار ووارداتها منه حوالي 4،1 مليون دولار، وشملت صادرات السودان الى كينيا خلال الاعوام الخمسة الاخيرة الصمغ والسمسم والكركدي والامباز وحب البطيخ. وكان السودان صدّر القطن الى كينيا عن طريق غرفة المقاصة، مقابل استيراد زيوت ماكينات، وذلك عقب انضمام البلدين الى منظمة التجارة التفضيلية. ويعود انخفاض مستوى التبادل التجاري الى اسباب عدة منها توتر العلاقات بين البلدين لفترة طويلة وغياب تجارة الحدود وانخفاض قيمة الصادرات السودانية الى كينيا، في مقابل ارتفاع الواردات. وكان الرئيس السوداني عمر البشير زار كينيا، ليوم واحد اخيراً، من دون صدور بيان رسمي عن الزيارة بينما كان الرئيس الكيني دانيال اراب موي زار الخرطوم منتصف العام الحالي. ويرى المراقبون ان هناك آفاقاً لتحسين العلاقات بين البلدين، خصوصاً في ظل احتمال قيام الرئيس الكيني بمبادرة بين الحكومة وممثلي حركة جون قرنق المعارضة لحل نزاع الجنوب المستمر منذ عام 1983.
