تفجرت أزمة بين بابا الاقباط في مصر شنودة الثالث والكنيسة المصرية من جهة وبين اقباط يعتنقون مبادئ اعتبرها شنودة متطرفة وتخالف تعاليم المسيحية. وحذر شنودة من التغاضي عن مواجهة هؤلاء، وأعرب عن رفضه "لكل غلو وتطرف في الدين"، وقال "إن الاديان تدعو الى السلام والتسامح وقبول الآخر". وجدد شنودة انتقاده "جماعة السبتيين الدينية" المحظورة في مصر التي شهدت نشاطاً ملموساً في الشهور الاخيرة، معتبراً أن نشاطها "يسعى الى بلبلة الافكار. ونفى شنودة ما ادعاه زعيم جماعة السبتيين في مصر جلال دوس أنه يمثل "كنيسة الحق"، وقال: "انه بعيد كل البعد عن الحق، والحق في نظره هو الترويج لكتب ايلين هوايت المرفوضة من كل المذاهب المسيحية، وهي الزعيمة الروحية لهذه الطائفة على مستوى العالم". وعلى رغم ان الجماعة محظورة في مصر، الا ان السلطات لا تتعرض الى زعيمها او المنتمين اليها وهو امر لم يرضِ الكنيسة. وحذر شنودة من "الخطورة العقيدية التي تمثلها تلك الجماعة"، وأضاف ان دوس ما زال يروج لأفكار الجماعة التي تدعو الى تقديس السبت. وفي المقابل قال دوس في تصريحات نقلتها وكالة انباء الشرق الاوسط "انه سيواصل دعوته الى المذهب الذي يؤمن به وانه لن يتأثر بتلك الانتقادات"، مشيراً الى أنه "لا ينتمي نهائياً الى التيار المعروف بالمسيحية الصهيونية". وفي سابقة هي الأولى من نوعها في تاريخ القضاء المصري كشفت وقائع جلسة محكمة أمن الدولة العليا التي تنظر في قضية "حزب التحرير الإسلامي" أن من بين التهم التي يواجهها المتهمون حيازتهم كتاباً ألفه محاميهم منتصر الزيات بعنوان "حوارات ممنوعة" قالت لجنة تابعة للأزهر انه يحوي افكاراً وعبارات مخالفة وطلبت حظره. وكانت المحكمة برئاسة المستشار عزت العشماوي واصلت النظر في القضية المتهم فيها 26 شخصاً بينهم 3 بريطانيين بالترويج لفكر متطرف يحض على العنف والارهاب ومحاولة قلب نظام الحكم بالقوة. وتسلمت المحكمة خلال المحكمة تقرير لجنة "مجمع البحوث الاسلامية" عن الافكار التي احتوتها اوراق ومنشورات وكتب تم ضبطها في حوزة المتهمين. وكانت هيئة الدفاع طلبت عرض هذه الكتب والاوراق على الازهر الشريف لبيان مخالفتها الشرع الحنيف من عدمه. وأجازت اللجنة كتب مؤسس الحزب تقي الدين النبهاني طالبة تعديل بعض الصفحات.