طلبت الحكومة الباكستانية من سفيرها في واشنطن الاستقالة وأمرت بفتح تحقيق حول مزاعم مفادها أن الأخير سعى إلى الحصول على مساعدة الأميركيين ضد الجيش الباكستاني، وقال المتحدث باسم رئيس الوزراء الباكستاني يوسف رضا جيلاني في بيان نشر الثلاثاء أن "رئيس الوزراء طلب من سفير باكستان في الولاياتالمتحدة حسين حقاني تقديم استقالته". وأضاف أن الحكومة أمرت بإجراء "تحقيق مفصل" في هذه القضية، من جهته، عرض حقاني بنفسه أن يستقيل نافيا معلومات للصحافة الباكستانية تحدثت عن ضلوعه في رسالة بعث بها الرئيس الباكستاني اصف علي زرداري إلى الأميرال مايكل مولن في مايو، بعيد العملية الأميركية في باكستان والتي أدت إلى مقتل أسامة بن لادن. وفي هذه الرسالة، يبدي زرداري خشيته من أن يعمد الجنود الباكستانيون إلى الاستيلاء على السلطة في محاولة لاحتواء تداعيات العملية الأميركية داخل أراضي بلادهم، وحقاني مستشار قريب من الرئيس الباكستاني وقد اضطلع بدور أساسي في مساعدة الحكومة الباكستانية على مواجهة اضطراب علاقاتها مع الولاياتالمتحدة، وخصوصا بعد العملية التي أدت إلى مقتل بن لادن في الثاني من مايو. وفي واشنطن، اعتبر البيت الأبيض الثلاثاء أن هذه الاستقالة تشكل "قضية داخلية" في باكستان، وقال بن رودس مساعد مستشار الأمن القومي للرئيس باراك اوباما للصحافيين أن حقاني كان "بالتأكيد شريكا قريبا جدا من الولاياتالمتحدة، ونحن ممتنون للعمل الذي قمنا به معا. ولكن في الوقت نفسه، نحن واثقون بأننا سنكون قادرين على العمل مع السفير الباكستاني الجديد أيا كان".
